国际水稻研究所（International Rice Research Institute，简称IRRI）是一个自主的、非盈利性的、国际性的水稻研究机构，是国际农业研究磋商组织下属的15个农业研究中心之一，总部设在菲律宾。由农业部和水稻专家袁隆平院士共同推荐。

1962年洛克菲勒基金会和福特基金会出资，菲律宾大学提供土地，以1比索/（公顷·年）的租价，租用300公顷土地，在菲律宾首都马尼拉建立了国际水稻所总部。 国际水稻研究所的使命是减轻人类的贫困和饥饿，提高水稻种植者和消费者的健康水平，保证水稻生产的环境可持续性发展。国际水稻研究所与大多数水稻生产和消费国、国际性、地区性和地方性组织以及各国农业科研推广系统紧密合作。

国际水稻研究所的主要宗旨是：

(一)调集各国科学家到发展中国家来帮助解决水稻生产中的问题；

(二)国际水稻研究所不仅是研究机构，也是教育培训机构；

(三)搜索和保存全世界水稻品种资源、知识和信息，并且无偿地向全世界传播。

国际水稻研究所的管理特点是“精简管理”，这种管理模式介于公共系统与私营公司的管理模式之间。根据国际水稻研究所的章程，由理事会做出重大决策，理事会雇用所长，研究所其余雇员与所长签订合同。设有业务和后勤两个副所长，业务所长主管研究、培训和双边关系等业务。

在科研架构的设计方面，国际水稻研究所的科研最底层是以学科为主建立的“系”，系主任负责本系内部的科学水平评估；上一层是以解决问题为主建立的“项目”，执行项目的目标是获得产品和最终结果；科研架构的最上层则是一些“协作网”，如遗传材料评价网(INGER)等等。从研究内容方面区分，国际水稻研究所的科研工作主要分为以下五

部分。

(一)搜集、保存、管理品种资源

国际水稻研究所拥有11万份品种资源，包括全世界主要的野生稻种和主要农家品种。世界银行每年向国际农业研究磋商组织(CGIAR)提供经费，资助品种资源项目。主要开展两方面工作，一、升级种质库，实现信息管理数字化；对来不及登记的材料进行清理；二、从分子水平上，开展等位基因的发掘(Allele mining)、利用定向诱导基因组局部突变检测自然群体技术Ecotilling(Targeting Induced Local Lesions In Genomes)和DNA—tab标记技术，围绕水稻的主要生理性状，对8个水稻品种重复进行全基因组测序，在几千份材料上做单核苷酸多态性研究，在单核苷酸的基础上对比这些水稻品种。这项研究目前已经投入100万美元，争取要做到20个水稻品种。国际水稻研究所成立了国际水稻功能基因协作组(IRGE)，国内的华大基因(B3I)也在参加水稻基因测序工作。通过测序工作可以掌握基因的“拼写方式”，还需要进一步做工作，以了解这些基因的“定义”，而掌握了基因的“定义”就可以设计理想的水稻品种。国际水稻研究所预计在十年之内将编写出水稻基因的“字典”。这方面的工作反映了国际水稻研究所的科学研究具有前瞻性和战略性。

(二)整体提升遗传资源手段(Genetic improvement)

遗传改良工作需要有育种家和生理学家共同参与，从遗传型(genotype)到表现型(phynotyle)的桥梁要由生物信息学(Bioinformatics)来连接。生物信息学作为一门由数学、统计、计算机与生物学交叉结合的新兴学科，已经成为现代农业科学发展不可缺少的重要工具。随着水稻基因组计划的快速发展，生物信息学技术在功能基因的发现与识别、基因与蛋白质的表达与功能研究方面都发挥着关键的作用。

国际水稻研究所首先加强了数据信息规范化管理。从2007年开始，育种家到田间工作必须携带具有高对比度LCD屏幕的掌上电脑，回到实验室以后，可以直接插入电脑，传输进共享数据库。从田间采样开始，国际水稻研究所的育种研究与生理学研究、遗传种质中心(GRC)和功能基因组学研究都使用同一个数据库，全部数据是兼容的。这极大提高了遗传改良工作的效率。

国际水稻研究所建成了生物信息学中心，先后投入数十万美元购置高性能台式计算机和集群计算机，使数据处理能力大大加强。建立了国际水稻信息系统(International Rice Information System，简称IRIS)，作为国际作物信息系统(International Crop Information System，简称ICIS)的一部分内容。未来要实现与国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)等相关农业研究机构的联网。通过田间采样数据、基因测序芯片试验室(GARMA)、基因转化实验室、品质实验室等来联接从基因型到表现型之间的环节，在数据的涵盖面与质量上都发生了质的飞跃，使国际水稻研究所的遗传改良研究上了一个新的平台，也让国际水稻研究所的生物信息研究在国际农业研究磋商组织的lS个中心里走在前列。

(三)水稻品质研究

目前国内的水稻品质研究重点是品质监测，即进行米质分析与质量检测，重点针对的是已育成的品种或将育成的品种。国际水稻研究所采用新的手段，重视水稻米质形成的前期过程。国际水稻研究所从澳大利亚新南澳洲聘请一位谷物化学家，改进原有的米质实验室，淘汰旧设备，建立了新的品质研究中心，提高了米质分析效率。以前测一个垩白度指标需要用一个星期左右，现在不到一小时就能完成，而且可以一次进样十多个，达到了高通量、高精度的品质研究水平。在此基础上，国际水稻研究所还开展了环境与品质的互作研究，磨米、干燥、储藏等产后加工研究，并且在中国水稻研究所建立了一个稻米品质研究分中心。

(四)转基因研究

很长时间以来，国际水稻研究所在转基因方面一直是从科学角度进行研究，着重研究基因的表达。具体科研流程是：取得基因、转入水稻、观察生长状况、发表文章。研究目的只是为了科学探索，转基因的成功率最高也仅为3096左右。目前国际水稻研究所正在探索转基因的标准化，提高转基因成功率，加强生物安全(biosafecy)的管理。国际水稻研究所在转基因方面的发展目标，一方面是与功能基因组学相配合，通过转化来验证突变体或已知基因的功能；另一方面是与发展中国家相配合，开展公益性的转基因产品应用研究。国际水稻研究所聘请了法国Cropdesign公司玉米基因转化线的专家，并把公司的转化模式引入国际水稻研究所。提高了基因转化效率七十倍，建立了高通量、高精度的水稻基因转化生产线。