1639年是一个平年，是农历己卯年，是兔年。年号：明思宗崇祯十二年，清太宗崇德四年。它的第一天在星期六开始。

1639年1—3月

1月19日，总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭率军北上入卫京师。崇祯帝从枢辅杨嗣昌议，进洪承畴为兵部尚书兼右副都御史总督蓟、辽军务，孙传庭总督保定、山东、河北军务。

2月，满清睿亲王多尔衮率军饱掠后，从山东北返至天津卫，渡运河东归。三月初九，清军从青山口出关，退回辽东。是役，清军入关达半年，深入二千里，攻占一府、三州、五十五县，二关；杀明总督二、守备以上将吏百余人；俘获人口四十六万余、黄金四千余两、白银九十七万余两。中原人民所遭受的苦难和财产损失无可计量。

2月，苏格兰起义军进入英国边境。

3月，清军回师。此役明军失陷城镇六十余处。帝命杨嗣昌议文武诸臣失事罪。

3月13日，马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，把这所学校命名为哈佛学院。

3月26日，崇祯召淮扬道参议郑二阳于平台，询问练兵措饷之事。

1639年4—6月

4月16日，堀主水与亲弟多贺井又八郎率领党族离开会津，更于离去之时命手下以铁炮攻击会津藩的据点若松城天守阁。

5月9日（农历）张献忠在湖北谷城重新起义，并占领谷城。

6月23日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征“练饷”。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。

1639年8—12月

8月8日，崇祯帝令限制题奏字数为六百五十字，兵、刑、钱、谷事不在此例。

8月22日，英国东印度公司的Francis Day从Vijayanagara国王获得乌木海岸的一块小型带状土地，Peda Venkata Raya(a.k.a. Venkata III)in Chandragiri。这个地方was under by Damerla Venkatapathy，Nayak of Vandavasi。允许建造进行贸易活动的代理商行和仓库。

10月，清军再次进攻宁远（今辽宁省兴城）。时宁远守将为都督同知金国凤，统军近万人。清军攻宁远，明将士胆怯。国凤愤，率亲丁数十人出据北山冈与清兵苦战，矢尽力竭，与二子及众亲丁皆战死。

12月4日，英国的天文学家霍罗克斯和克拉布特里用望远镜观察到十七世纪最后一次金星凌日。

1639年02月08日，爱新觉罗·韬塞出生，爱新觉罗·韬塞是清太宗皇太极第十子。初封三等镇国将军。康熙八年（公元1669年）晋辅国公。康熙三十四年（公元1695年）二月初九卒。乾隆元年（公元1736年）授韬塞子谕德奉恩将军，世袭。

12月22日，让·拉辛出生，1699年4月21日逝世，法国剧作家，与高乃依和莫里哀合称十七世纪最伟大的三位法国剧作家。

孝献皇后董鄂氏，出生月日不详，1660年9月23日逝世，清世祖宠妃，诞皇四子，追封孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后。

陈廷敬，出生月日不详，1712年逝世，清朝名臣、学者，入仕五十三年，主编《康熙词典》。

卢象升逝世，卢象升（1600年4月16日-1639年1月15日），字建斗，又字斗瞻、介瞻，号九台，南直隶常州府宜兴县（今江苏宜兴）人。明末杰出将领，民族英雄。

陈裸逝世，陈裸（1563－约1639）吴县（今江苏苏州）人。一作云间（今上海松江）人。初名瓒，能诗，工楷书，擅绘画。山水学赵伯驹、赵孟頫、文征明，摹古人笔法逼肖。著有《妪解集》。

郝敬逝世，郝敬（1558－1639）京山（今湖北京山）人。万历十七年（一五八九）进士，官礼科给事中，知江阴。幼称神童，性跅驰。尝杀人系狱，得父友援之，始折节读书。通经学，著述颇富。亦善画。卒年八十二。

1月20日，穆斯塔法一世逝世。

5月21日，意大利哲学家康帕内拉(1568—1639)逝世，文艺复兴时期杰出的思想家和后代空想社会主义的奠基人。

9月23日，陈继儒逝世，陈继儒（1558－1639），字仲醇，号眉公，又号麋公，松江华亭人。有《逸民史》、《增补陶朱公致富奇书》、《文苑潇湘》、《游览粹编》、《爽心笑谈》、《晚香堂集》、《陈眉公集》。辑有《宝颜堂秘笈》十七种，保存了大量的小说和掌故资料。并辑《国朝名公诗选》。

吴伟业奏陈时政：崇祯十二年（1639）正月，翰林院修撰吴伟业奏陈时政：今日阽危至极，皇上当下哀痛之诏，悯人罪己，思咎惧灾，吊死恤忠，赏功禁暴，使父老子弟，悲愤同仇，人心勃然，战气自倍。临清，只系一州，贾人千金购士，辄用破贼。今以京师之大，公候贵戚之盛，皇上召之便殿，忠义激励，共捐家财以募死士，更出空头告身数百道，悬犒有功，使入敌营，烧其辎重，毒其水草。臣以为敌气已惰，陛下威灵四畅，敌必逃遁。但敌去之后，方劳圣虑。今日之计，急遣知兵大臣选九边锐卒，再益以川浙兵各数千人，预防今秋。然后大更法制、选将备边，严肃武试、积粟足食。