黑龙江省农业科学院牡丹江分院，成立于1958年，是黑龙江省东南部集研究、开发、推广于一体的综合性农业科研单位，现有在职职工118人，其中科技人员88人。占地面积148公顷，其中试验耕地面积100公顷。

黑龙江省农业科学院牡丹江分院内部机构设有政工综合科、行政办公室、科研管理科、财务会计中心、成果转化对俄园区办公室等五个职能部门和水稻生化技术研究所、土壤肥料研究所、果树研究所、水稻研究所、蜜蜂研究中心、玉米育种研究室、经济作物研究室、大豆育种研究室、现代农业研究室和食用菌研究室等十个研究单位。是黑龙江省农业科学院博士后流动站果树与蜜蜂工作分站，承担了农业部现代农业产业技术体系的蜜蜂、食用菌和苹果三个综合试验站、黑龙江省果树工程中心、黑龙江省寒地果树育种与栽培重点实验站、黑龙江省果树中试基地和黑龙江中俄农业高新技术合作示范园区的建设任务。其职责任务是：承担种植业、养殖业、加工业和生物技术等领域的研究工作；承担黑龙江省一、二、三积温带农作物、经济作物育种研究工作；承担蜜蜂繁育、病虫害防治、蜂产品加工等技术研究工作；承担果品深加工技术研究工作；并承担优质米开发、系列农化产品的研究与推广工作等。

经过50多年的发展建设，该院已发展成为黑龙江省东南部专业设施齐全、人才济济、对外开放的综合性农业科研单位。1991年（八五）以来，承担国家省市各级各类科研项目共195项，其中国家“863”项目3项，国家成果转化资金及自然基金等项目11项。与美国、俄罗斯、日本、朝鲜、韩国等十多个国家的大专院校保持科技合作与交流，承担国际合作专项12项。1978年以来，获各级成果奖励169项，“水稻育苗壮秧剂的研制与推广应用”获得了“省长特别奖”，《中国蜜粉源植物》获第33届国际蜜蜂大会金奖，“抗寒优质耐贮李新品种牡丰李选育与推广”获得省科技进步二等奖。1982年（六五）以来，共审定各类作物品种56个，其中水稻：牡丹江19、牡丹江26、牡丹江28；玉米：牡单9、牡单10；果树：龙冠苹果、金香水梨、矮甜李、牡红杏、寒丰黑穗醋栗；晒烟：龙烟三号、龙烟六号等品种在生产中广泛应用。作物新品种、自主研制的各种农化产品在全省和全国适宜区域累计推广面积达5亿多亩，科研成果累计创社会效益200多亿元，对农民增收、农业增效起了巨大推动作用。