黏膜免疫系统是由分布于胃肠道、泪道、唾液分泌管、呼吸道、泌尿道和乳腺黏膜内的淋巴组织组成的，占据了机体淋巴组织的大部分。其中胃肠道的黏膜免疫系统尤令人关注，特征如下：具有特殊的集合淋巴结（又称Peyer’s patches）；具有黏膜归巢（mucosal homing）受体，即淋巴细胞通过再循环又回到黏膜的模式；是IgA B细胞和记忆T细胞定位的所在地；所分泌的免疫球蛋白主要是S-IgA等。这些性质一方面能使宿主不受病原体的伤害，另一方面会使机体对普通的食物抗原和正常的微生物产生免疫耐受。

黏膜免疫系统近年来的一个主要进展是提出了黏膜相关淋巴组织的概念，即指由于炎症和自身免疫反应等在黏膜内所形成的相关淋巴组织，分布于肠、胃、气管、眼结膜和扁桃体等器官的黏膜内。黏膜相关淋巴组织所在的黏膜上皮内含有一种M细胞（microfold celI），它能输送抗原性物质透过黏膜，并启动免疫反应。通常认为胃肠道小细胞黏膜相关淋巴瘤（small cell lymphomas of the GI tract）起源于黏膜相关淋巴组织，因此大多数低度恶性的B细胞胃肠道黏膜相关淋巴瘤就其组织结构而言不属于淋巴结型，而属于黏膜相关淋巴组织型，可称为MALT淋巴瘤。大多数MAIT淋巴瘤发生在胃黏膜，属低度恶性肿瘤。这类MALT淋巴瘤与幽门螺旋菌（helicobacter pylori）的感染有关，且随着幽门螺旋菌的消除，它会完全退化。胃肠道尤其是结肠的黏膜相关淋巴组织在免疫应答的急性期中起主要作用。

小肠黏膜上皮内淋巴细胞在肠道免疫防御中起着重要作用，具有抑制黏膜超敏反应、中和外源细胞毒作用及分泌淋巴因子等多种功能。小肠黏膜上皮内淋巴细胞与肠道黏膜相关淋巴组织构成一个复杂的免疫体系。此种淋巴细胞主要见于小肠黏膜绒毛上皮细胞之间，95.2%位于上皮基底层，3.7%在上皮核层，1.1%在顶端，其上方为上皮细胞的紧密连接，下方为基底膜。这些细胞与相邻上皮细胞及基底膜之间未见桥粒和其他黏连形式。动物实验发现，经环磷酰胺处理后，卵自蛋白能诱导IEL数目的增加、肠上皮细胞更新以及肠系膜淋巴结中T细胞致敏，提示食物抗原的局部致敏作用通常是处于抑制状态。食物蛋白经肠道酶降解后，被消化的可溶性抗原主要通过肠上皮细胞吸收，早已发现正常IEL具有抗原呈递功能，可将抗原呈递给T细胞，主要是选择性活化CD8 T抑制细胞，从而导致对食物蛋白的特异性耐受。对此，体外实验已有证明。肠道细菌的增殖总是伴随着小肠黏膜上皮内淋巴细胞，尤其是CD8 7盯细胞的增多和黏膜免疫功能的成熟。肠道黏膜上皮为小肠黏膜内淋巴细胞的分化、成熟及功能的实施提供了一个良好的微环境。