驾鹤书院始建于南宋，是广西最早的书院。

自2004年1月18日投入使用后，这里常年举办书画展览及其他文化交流活动。

2005年底开始，柳州市扩建驾鹤小桃源，驾鹤书院被列入重建对象。据扩建工程设计方案称，该书院因受一期工程地域狭小的因素所限，依山而建，遮挡了驾鹤山西南麓的“驾鹤书院”、“小桃源”等古代摩崖石刻，且规模稍小，影响了景观效果。因此，在小桃源南部的柳州烟厂旧厂房拆除后，书院须拆除重建，让其与新园开阔的环境更协调。新驾鹤书院将在原址南侧兴建，占地面积扩大一倍。