美军驻日本的基地是1945年美军占领日本后建立的，是二战的产物之一，仍是美军全球战略中重要一环，基地存续是美日军事同盟的重要基础。1951年签订了《日美安全保障条约》。该条约规定日本承认美国在日本驻扎陆海空军；驻日美军为维护远东和平与保障日本的安全，应日本请求，可以用武力镇压内乱和暴动，以及对付外来的武力攻击；美军驻扎日本的条件依照日美两国间的行政协定执行。1960年又签订了《新日美安全保障条约》。该协定额外增加了驻日美军及军属在引发刑事案件，只有“在检查当局起诉之后”，基地方面方可交出嫌疑犯等特权。

第七舰队的“左膀右臂”

———横须贺、佐世保

横须贺舰队基地司令部位于东京湾畔，是美在西太平洋最主要的海军基地设施，与日本海上自卫队合用，是美海军第七舰队司令部所在地。第七舰队以此为母港，游弋于太平洋及印度洋。“里根”号航空母舰驻守在这里，另有8艘舰只组成的护航舰队。横须贺除了具备入坞设施外，还具备一等的船只修理设施、具有战略意义的燃料和弹药库。

佐世保舰队基地司令部位于九州岛西北角，作为美在日本的第二大海军基地，由美军与日本海上自卫队合用，也是美军前沿部署部队的主要后勤保障基地。美第七舰队的旗舰“蓝岭”号、“贝劳伍德”号两栖攻击舰，就以此为驻地。

驻日美军的“心脏”

———横田、座间

横田与座间是驻日美军司令部所在地，其中横田还是驻日美军第五航空队的司令部驻地。横田基地横跨首都东京的五市一町，是驻日美军的第二大军事基地。

座间兵营位于东京西南16公里处，是驻日美陆军司令部所在地和陆军第九战区支援司令部所在地，任务是为驻防西太平洋的陆军提供战斗勤务支援。

驻日美军的“兵营”

———冲绳岛

冲绳岛位于琉球群岛，为琉球群岛第一大岛。这个东亚海上交通要冲，是驻日美军人数最多的地方(约有2.8万名现役官兵驻防)，1972年前一直由美国控制，美军现占用该岛18%的陆地面积。

基地面积占全部驻日美军基地的75%，在此建有各种军事设施共39处。从军种看，海军和海军陆战队占70%，指挥他们的是美国第三海军陆战队远征军司令部，这支部队是美本土以外的一支可以“从夏威夷到非洲好望角作出快速反应的部队”。

空中“警察”的“休息”地

———三泽

三泽位于东京东北644公里处，是美在日本北部的一个空军基地。如今该基地部队正由防御型转变成为“打击对方防空体系”的进攻型部 队，其职能范围已由亚太地区拓展到世界上所有发生纠纷的地区。 （冲绳卫星地图）

驻日美军肇事不断

美国在日本驻扎有约5万名军人，大部分驻扎在冲绳。美驻日使馆曾声明声称：“美国驻日部队和美国政府致力于以最高标准要求驻日美国军人严守纪律。”但驻日美军施暴迄今已非少数，“严守纪律”更是无从谈起。

1995年3名驻冲绳美军士兵强暴一名12岁小学女生的案件。此事引发日本民众大规模抗议。

1998年10月一名驻冲绳美军士兵驾车撞人逃逸后，美军在起诉前仍拒绝交出肇事者。

2001年1月，一名美军士兵在冲绳一个住宅区连续纵火，造成居民财产损失。但当冲绳警方提出对该士兵进行拘留时，驻日美军却拒绝交出嫌疑人，理由是此事非杀人、强奸。

2008年3月23日，日本冲绳举行的一个抗议驻日美军暴行的大规模示威集会上，一名女子书写的标语格外醒目，上面写着，“美军是性犯罪恐怖分子”。

2010年5月16日下午，日本冲绳县1.7万民众筑起人墙,包围了周长约13公里的驻日美军普天间基地,参加者在雨中举着“不要基地”等横幅,要求早日归还该基地并反对将其搬迁至冲绳县内。

2021年5月9日凌晨，日本冲绳县警方陆续逮捕3名驻日美军，其中1人涉嫌酒驾，另有2人涉嫌闯入当地民宅。据日媒报道，两起事件均发生在深夜。该名涉嫌酒驾的司机供称是隶属于神奈川县驻日美军基地的士兵，涉嫌闯入民宅的2人供称是驻冲绳美军士兵。

鸠山由纪夫与普天间美军基地

2010年5月28日，日美发表联合声明，正式宣布将冲绳驻日美军普天间基地迁往冲绳县内的名护市边野谷。鸠山政权在2009年秋天上台之后，一直摸索普天间迁到冲绳县外的可能性，不过最终还是退回到自民党的原定方案。

长期以来困扰日本鸠山政权的驻日美军普天间基地搬迁问题终于有了决定，正式宣布将迁到冲绳县的边野谷。日本首相鸠山召开记者会，为自己未能信守承诺向国民道歉。而执政联盟内的社民党阁僚，因为反对遭到罢免，社民党可能退出执政联盟，鸠山政权面临瓦解危机。

日本政府当晚召开临时内阁会议，确定普天间问题的应对方针。由于执政联盟的社民党坚决反对，消费事务大臣福岛瑞穗拒不签字，最后遭到鸠山罢免。社民党有可能近日宣布退出执政联盟，导致联合政权瓦解。

鸠山首相在晚上终于露面召开记者会，向国民致歉，并承认没有得到冲绳民众和执政联盟的理解。

日本首相鸠山由纪夫在2日上午召开的民主党两院议员大会上表示，由于驻日美军普天间机场搬迁问题造成社民退出联合政府等政局混乱局面，自己将引咎辞职。

截至2020年7月16日，在日本10个美军基地中，共有140人新冠病毒检测结果呈阳性。

当地时间2022年5月8日上午，一名驻日美军士兵开车行驶在日本冲绳县北谷町国道上时，将车开上人行道，并撞到了一名正在行走的男性。这名男性送医后被确认死亡。

当地时间2022年5月15日，日本首相岸田文雄在冲绳县宜野湾市与冲绳县知事玉城丹尼共同出席有关“冲绳回归50周年”纪念仪式，并发表致辞。大批冲绳民众当天在会场外强烈抗议，要求削减冲绳美军基地规模甚至将美军基地全部撤出。有分析称，受新冠肺炎疫情和日美关系发展影响，冲绳美军基地搬迁问题可能越来越难解决。

当地时间2023年6月18日，日本冲绳县部分民众在名护市的边野古地区集会，抗议驻日美军基地搬迁至当地的计划。当地民众表示，自2004年4月首次集会后，他们就此事与日本中央政府抗争已有约7000天，这次集会再次表明他们反对美军基地的决心。

2023年7月11日，日本《东京新闻》报道，美军基地内检测出有毒致癌的全氟和多氟烷基物质PFAS浓度高达日本标准的18倍。

2024年1月10日，日本政府提前启动了位于冲绳县的驻日美军边野古基地大浦湾一侧的地基改善工程。12日，冲绳民众举行大规模集会，抗议日本政府无视民意，强行推进边野古美军新基地建设。

2023年7月21日，日本防卫省公布数据称，2010年至2012年期间，驻日美军横田基地发生的3起含有机氟化物灭火剂泄漏事件共泄漏有机氟化物约3200升，但都未泄漏至基地以外的区域。

2023年11月，据日本《东京新闻》报道，截至2023年1月，位于东京的驻日美军横田基地内储存有140万升被有机氟化物污染的水，分别储存于该基地内的7个储水罐中。其中一个储水罐存有950升污染水，其有机氟化物浓度超过每升18万纳克，为日本对地下水和河流有机氟化物含量暂定安全标准（每升50纳克）的3600倍以上。《东京新闻》报道称，驻日美军横田基地中的有机氟化物污染水可能将被长期储存，一旦这些污染水泄漏，将可能污染附近居民用作水源的地下水。日本国内虽然也有相关焚烧设备，但成本高昂，美军方面似乎并没有推进横田基地有机氟化物污染水的处理计划。

2024年12月20日，据日本共同社报道，日本防卫省、外务省、环境省等部门人员进入驻日美军横田基地，就可能存在的有机氟化合物泄漏事件展开调查。12月20日晚，日本防卫省公布了美军就驻日美军横田基地调查有害污染物全氟和多氟烷基物质（PFAS）泄漏事件作出的情况说明。美军称，污染物通过地下排水沟流向基地西南部可能导致污染物泄漏，但未经排水沟直接流向基地外的可能性极低。

当地时间2024年9月2日，针对驻日冲绳美军普天间机场搬迁至冲绳县名护市边野古地区一事，福冈高等法院那霸分部在当天的二审判决中，驳回了冲绳县政府的相关上诉。

2023年12月，日本福冈高等法院那霸支部作出判决，要求冲绳县政府自判决下达第二天起，于3个工作日内，认可边野古基地的地基土壤改良工程计划，逾期不认可则日本中央政府可代替冲绳县政府继续推进。随后日本中央政府代替冲绳县知事玉城丹尼批准“代执行”手续，批准了边野古基地的地基土壤改良工程计划。