马达加斯加河马是生活在
马达加斯加的几个河马物种，但在1000年已经灭绝。它们与现存的河马及
倭河马很相似。
它们与现存的河马及倭河马很相似。化石纪录发现马达加斯加河马的最少一个物种曾生存至1000年前。这类河马的分类并不清晰，且没有广泛的研究。一般相信它们生存至全新世。
马达加斯加河马首先是由Alfred Grandidier于1800年代中描述，他在
莫桑比克海峡几里外的沼泽发掘出接近50头河马遗骸。后来不同的学者分别将之命名了4个不同的物种。其后有研究认为实际上只有两个物种，即
马达加斯加侏儒河马及马达加斯加绿河马（H. madagascariensis）。于1990年发现了第三个物种，名为H. laloumena。其后发现马达加斯加绿河马与现今西非的倭河马有很多相似的地方。由于当时倭河马是分类在六齿河马属中，故其学名更名为 Hexaprotodon madagascariensis。但是因一些分学家将倭河马分类到倭河马属中，马达加斯加绿河马的学名亦随之改为Choeropsis madagascariensis。
马达加斯加河马的化石纪录很丰富。当中最少有7头河马骨头上明显有被屠宰的痕迹，这显示它们生存至人类到达马达加斯加的时期。由于有被屠宰的证据，相信它们的灭绝亦与人类有关。虽然发现了大量的化石，但马达加斯加河马却没有被好好的研究，这可能是因学者对大型动物（如巨狐猴及象鸟）更有兴趣。
一般接受马达加斯加河马有三个物种。它们如何及何时进入马达加斯加都不得而知。有指由于河马是半水中生活，故有可能它们横渡了阔400公里的海峡而到达马达加斯加。另亦有指它们是岛上唯一的有蹄类，故有可能是一直在岛上生活或是由人类引入的。
马达加斯加侏儒河马，又名马达马加斯加黑河马，的遗骸多在马达加斯加西部的河流及湖泊发现，故它们像现今非洲的河马般生活在河岸带。马达加斯加侏儒河马的眼窝很高，方便它们在水中仍能看见。马达加斯加侏儒河马的头颅骨亦很像现今的河马，但整体大小不同，估计它们是两性异形的。
虽然马达加斯加侏儒河马是河马的亲属，但体型明显较细小，只有倭河马的大小。最大的标本只有6.5呎长及2.5呎高。它们的祖先可能是一般大小的河马，但在岛内的侏儒化而缩减了体型。
马达加斯加绿河马，又名马达加斯加倭河马，原先是与马达加斯加侏儒河马一同分类在河马属中，体型亦大致一样。从马达加斯加绿河马的形态及栖息地可见，它们较为接近现今的倭河马。 就像现今的倭河马，马达加斯加绿河马的眼睛是在头部的两侧，牙齿形态亦都相同。马达加斯加绿河马亦较少在水中生活，大部份的化石都是在马达加斯加的森林高地发现。
马达加斯加绿河马及马达加斯加侏儒河马都是适于行走的，这与非洲的河马有所不同。这些共同点可见它们是从同一祖先演化而来，而与现今河马及倭河马的相似性则是因并行
演化而来。
于
1990年第三种马达加斯加河马被描述，名为Hippopotamus laloumena。对于这动物所知有限，因为它的
化石只有从
马达加斯加东岸
马南扎里发现的一个
下颌骨及肢骨。
这些化石明显是属于
河马属的动物，但体型较其他的马达加斯加河马为大。唯一所知的就是它们很像现今的
河马，但较为细小。
虽然马达加斯加河马的
化石记录最晚终止在1000年前，但它们却在
马达加斯加的口述传说中颇为普遍。于1648年，弗拉古（琀椀攀渀渀攀 de Flacourt）担任马达加斯加总督时纪录了在当地传闻中传说很像
河马的动物。在马达加斯加不同的区域，都传说著像河马的不同动物。于1902年，一个官员曾称到传言，据称在1878年的高地上仍有马达加斯加河马活体存在。但在最近几年，科学家经过详细研究证实，这些所谓的目击报告都是属于谣言，毫无任何证据证明证实它们生活到1000年以后并一直生存到17世纪甚至19世纪的说法，由于没有任何证据证明，所以可信度和活的恐龙差不多。