马曰琯本籍安徽祁门，祖父马承运始业盐两淮，马曰琯自小侨居扬州新城东关街，世代经营盐业。马曰琯曾经以附贡生的资历援例候选主事 ，授
道台衔。雍正十二年（1734年），独资兴建
梅花书院，此院原名为崇雅书院。乾隆元年（1736）马曰琯曾被推举参加博学鸿词特别考试，坚辞不赴。
马曰琯家庭豪富，但为人慷慨，热心地方公益事业，曾捐资开掘扬州沟渠，筑渔亭孔道等。乾隆帝南巡时，赐御书。
杭世骏在写马曰琯墓志铭称：“以济人利物为本怀，以设诚致行为实务。”“倾接文儒喜交久敬，意所未达，辄逆探以适其欲。” 马曰琯有弟马曰璐（1711—1799），字佩兮，号南斋，兄弟互为师友，人称“扬州二马”。
马曰琯一生喜爱写诗、藏书和结交文人雅士，雍正年间，在扬州建造小玲珑山馆，广交天下名流，“四方人士闻名造庐，授餐经年，无倦色”。著名学者
全祖望、
厉鹗、
金农、
郑板桥、陈章等都是小玲珑山馆的常客。马曰琯曾自为盟主，同厉鹗等人结“邗江吟社”，吟诗作赋、游历山水。马曰琯还替
郑板桥还清债务，
袁枚说马曰琯“横陈图史常千架，供养文人过一生”。
沈德潜评其诗为“峭刻得山之峻，明净得水之澄”，可见水平很不一般，今传《沙河逸老集》10卷和《嶰谷词》1卷。《清史稿·文苑传》有马曰琯传，足证他的文名确为当时所重。
清著名藏书家、文学家、刻书家。字秋玉，号嶰谷。祖籍安徽祁门，迁居江都（今江苏扬州）。官候选知州。乾隆初，举博学鸿词未就，与弟马曰璐互为师友，并以诗文见称，有“扬州二马”之名，知名学者和藏书家如厉鹗、陈撰、聚书几十年，见秘本、珍本、孤本重价购买，世人所需者，不惜千百金加以刊印。先后购得“传是楼”、“曝书亭”旧藏， 累计有藏书10余万卷，建藏书楼数十间，各命名为“街南书屋”、“小玲珑山馆”、“丛书楼”等，聘请知名学者如厉鹗、陈撰、江宾谷、金农等先后馆于其家，为其校勘、编次书籍，聘善装顶书者数人为其装订书脑。与全祖望、惠栋等人关系尤密切，有秘书相互借抄。全祖望称他“藏书精骇，更无讹本”。并乐于广泛借书与人，尤对学者、儒士交流，以资著述。卢雅雨、严长明等均利用过他的藏书，并赠有“数卷论衡藏秘籍，多君慷慨借荆州”之句。乾隆三十七年（1772）朝廷开馆编纂《
四库全书》，广征天下藏书家秘本，其子马裕进呈图书776种，《四库全书总目》著录了373种，为献书最多之藏书家，得赏赐《古今图书集成》1部、《平定金川得胜诗图》《平定伊犁图》数卷。高宗南巡，闻其藏书、诗文之名，亲驾其园并赐书和填诗。刊刻图书颇精，刻有《说文解字》《玉篇》《广韵》、朱彝尊《经义考》等，版刻极为精良，世称“马版”。藏书印有“秋玉父印”、“马氏丛书楼珍藏图记”、“马曰琯曰璐兄弟同鉴赏”等。著有《沙河逸老小稿》《嶰谷词》《焦山纪游集》《林屋唱酬录》等。
马曰琯喜爱考校典籍，家中专设刻印坊，不惜费资刻印书籍，如刻
朱彝尊《经义考》一书，就花去千金，当时称这一批书为“马版”。小玲珑山馆又是马氏藏书楼名称，藏书多达10余万卷，有“甲大江南被”之说。1772年
四库全书馆设立，马曰琯的儿子振伯献藏书776种，为全国私人献书之冠，受乾隆皇帝褒奖，赐《古今图书集成》一部、《平定伊犁金川诗图》1幅，并亲题《鹖冠子》相赠。《四库全书总目》著录马氏藏书有373种5529卷，其中经部57种670卷，史部123种1658卷，子部43种731卷，集部150种2470卷。乾隆四十二年（1777），马曰琯的儿子马振伯呈请将梅花书院归公，改由盐务衙门管理。