真菌门的亚门。因其
无性生殖、产生具
鞭毛的
游动孢子而得名。它与
接合菌亚门均因菌丝无隔膜而被长期放在一起，统称藻状菌。20世纪60年代以来，因本亚门真菌无性生殖产生能动的游动孢子、有性生殖形成卵孢子或
休眠孢子囊，与接合菌亚门产生的不能动的
孢囊孢子和
接合孢子有本质的区别，因而被分为两个独立的
亚门。
鞭毛为一毛状细胞器，包括 2套中心纤丝和围绕在周围的9套纤丝，所以称9+2鞭毛。鞭毛分茸鞭和尾鞭两型：茸鞭主轴两侧生小茸毛；尾鞭平滑无茸毛，顶部短而细软。游动时茸鞭向前，尾鞭向后（见纤毛、鞭毛）。
鞭毛菌大多习居水中，仅少数两栖或陆生。
腐生、寄生和专性寄生均有。能寄生于藻类、
蕨类、种子植物、昆虫、鱼类以及其他真菌上。霜霉和白锈菌为害多种经济植物，疫霉和腐霉为害许多栽培植物，水霉为害鱼苗和鱼卵，而雕蚀菌则侵染蚊蚴，串胞壶菌杀灭线虫。
根据
游动孢子鞭毛的数目和着生位置的不同，本亚门下分①
壶菌纲：游动孢子为单鞭毛，后生尾鞭；②丝壶菌纲：游动孢子为单鞭毛，前生
茸鞭；③
卵菌纲：游动孢子为双鞭毛，前茸鞭，后尾鞭。
以往的多数真菌学家根据鞭毛的数目、有性生殖方式和细胞壁组分等将低等真菌分为壶菌和卵菌两条演化线。1969年美国的R.H.惠特克提出：鞭毛菌可能起源于单细胞鞭毛生物，演化线有 4条，即①壶菌线：演化出壶菌、芽枝菌和单毛菌；②卵菌线：演化出链壶菌、水霉、水节霉和霜霉；③前毛菌线：演化出前毛菌；④根肿菌线：演化出根肿菌。
尽管鞭毛菌的主要共性是具有
游动孢子，但一般认为它是多源的，并不是一个自然群。因此，不少
生物系统学家或真菌学家，如L.马古利斯（1974）、R.L.谢弗(1975)等将丝壶菌、卵菌和根肿菌排除在真菌之外，或将卵菌与其他鞭毛菌分开。