革兰氏阴性菌（Gram negative bacillus），革兰氏阴性菌泛指革兰氏染色反应呈红色的细菌。主要包括高原大肠埃希菌和铜绿假单胞菌。革兰氏阴性菌的病原能力通常与其细胞壁组成相关，具体说来有脂多糖（lipopolysaccharide，又称为LPS或者内毒素（endotoxin））层。在人体中，LPS可以激发一种固有免疫反应（innate immune response）这种反应是通过细胞素制造和免疫系统活化等来描述其特征的。比如，红肿就是细胞素产生并释放导致的。因为脂多糖在革兰氏阴性菌的细胞壁表皮，所以大多数或旧型抗生素都不能有效抑制此类细菌。

在革兰氏染色实验中，首先添加了结晶紫（crystal violet），再添入另一种复染染料（通常使用番红（safranin）），从而将所有的革兰氏阴性菌染成红色或粉色。通过这种测试我们可以区分两种细胞壁结构不同的细菌。革兰氏阳性菌在反应后的除色溶液中将呈现龙胆紫的颜色。

革兰氏阴性菌细胞壁中肽聚糖含量低，而脂类含量高。当用乙醇处理时，脂类物质溶解，细胞壁通透性增强，使结晶紫极易被乙醇抽出而脱色；再度染上复染液番红的时候，便呈现红色了。

革兰氏阴性菌以大肠杆菌为代表。

高原大肠埃希菌（escherichia coli，通常称为大肠杆菌）主要存在于土壤、水源、人和动物肠道，因抵抗力较弱，在干燥的空气、物表和人的皮肤检出较少。从对肠道的作用来看可分为致病性和非致病性两大类，依据致病机制、临床症状、流行病学特征和血清型，致病性大肠埃希菌分为肠致病性大肠埃希菌、产肠毒素大肠埃希菌、肠侵袭性大肠埃希菌、肠出血性大肠埃希菌和肠聚集黏附性大肠埃希菌，它们共同特点都是引起腹泻。高原外科感染菌中大肠埃希菌感染占第3位。

高原铜绿假单胞菌（pseudomonas aeruginosa，也称绿脓杆菌）主要分布在土壤和水源中，因对干燥环境较敏感，所以在空气、物表和人体皮肤中较少检出，在人体肠道中是常驻菌的组成部分。高原铜绿假单胞菌血清型以Ⅱ型和Ⅵ型为主，此菌在腐败、潮湿的伤口繁殖迅速，产生大量内毒素和外毒素，使病情急剧恶化。高原医院外科感染中铜绿假单胞菌引起的感染较少，但引起血液感染有所上升。高原战创伤主要注意伤口被土壤和污水中铜绿假单胞菌污染定植后繁殖致病。

革兰氏阴性杆菌，主要存在于龈袋(牙周袋)龈下菌斑内及舌背部黏膜舌苔下。健康龈袋检出少，如果菌种及数量的增加，标志炎症存在及进展。