清真禅寺初创于宋末元初。初创时为正殿两进。元
大德年间（1297-1307）建右侧配殿“夫人宫”，明
嘉靖八年（1529）增建前殿，清
乾隆年间重修正殿；清
嘉庆年间（1796-1820）扩建女客房，清
咸丰十一年，太平军攻占青田，前殿被焚毁，
同治元年重建；清
光绪三十一年建东西辕门，民国十六年（1927）建
钟鼓楼，1985年筑
围墙，拆去东西辕门，建山门，挖筑
放生池，造花园，规模进一步扩大，并将钟鼓楼纳入寺庙范围，形成一个整体寺庙建筑群。
清真禅寺原称“清真堂”，寺庙主体建筑以中轴线为标准，依次为山门、
钟鼓楼、放生池、一进门台、二进白衣丞相殿、三进观音殿、厢房，西侧配殿有夫人殿，总占地面积约一万平方米。山门为砖混仿古建筑，重檐歇山顶，首建于1985年。门额匾“泽被侨乡”为
沙孟海于1991年题写，过山门左右两边为钟鼓楼，平面呈正方形，8.2米见方，三重檐四角攒尖顶，楼内分别置巨形钟鼓各一。天井中处为放生池，并建“吉祥桥”，放生池面积约200平方米，1987年修建。一进门台面阔七间20.9米，进深三柱4米，五架檩，中柱分心双步梁。二进白衣丞相殿，面阔22 米，进深11.25 米，十一架檩，前后双步梁，明间上施八角六跳藻井。重檐歇山顶，屋面正、垂脊施邸尾走兽，飞檐起翘。殿内供白衣丞相塑像，厢房面阔7.6米，进深5米，檐廊设栏凳。三进观音殿，面阔三间 18 米，进深 14.9 米，重檐歇山顶，大殿供塑观音、十八罗汉塑像。二、三进天井之间建有清同治十一年的放生池，占地面积约60平方米。紧依白衣丞相殿的西侧为配殿夫人殿，共三进，一进面阔14.4米，进深9.3米，重檐歇山顶，明间置弥勒佛，两侧供塑四大金刚。二进面阔19.7米，进深7.3米，明间供塑如来，两侧供塑罗汉壁。三进观音殿，面阔19.7米，进深12.1米，清真禅寺殿内雕梁画栋，富丽堂煌，具有浓厚的宗教文化特色。清真禅寺常年点燃着几十对巨烛，分别为600斤、1000斤、1200斤，甚至2000斤，俗称千斤烛。千斤烛是长明灯，是延寿烛。一对蜡烛，长明365个日日夜夜，照亮一个周岁，实乃中华一绝。制作千斤烛有专门的民间信仰组织――“廿四拜会”（逢初一十五祭拜，一年廿四次）主持，每年二月十九清真禅寺庙会时，善男信女购买千斤烛，用彩车乐队的仪式贡送而来，择时举行燃烛仪式。
清真禅寺主供
唐朝丞相
李泌，唐德宗朝拜为中节待中、同平章事（丞相），因常穿白衣，故有白衣丞相美称，据传与李泌同朝一陈姓京官，因受奸臣陷害，被打入天牢，后经李泌冒死相救，转危为安。陈氏晚年退隐故里青田，撰文记述此事，告于后辈，永铭白衣丞相李泌恩泽。此后在青田、永嘉一带，修建了许多供奉白衣丞相的寺庙，阜山的清真禅寺规模最大，年香客数量近二十万，在浙西南一带颇有影响。
清真禅寺庙会是人们为纪念观音生辰（农历二月十九）而自发组织的佛事集会活动，延续至今，已有近800年的历史。每年农历二月初一至二月十九，由清真禅寺管委会举办庙会。全省各地的善男信女及海外侨胞、台湾同胞纷纷赶来，多达数万人，车来人往，热闹非凡。摊店鳞次栉比，百货纷呈，五彩缤纷，盛况空前。每年庙会收到的缘银达30多万元，其中以献千斤烛和二月十九唱词的场面最为壮观。千斤烛是长明灯，是延寿烛，一对蜡烛，长明365个日日夜夜，照亮一个周岁，实乃中华一绝。庙会期间，瓯江下游两岸的善男信女以“廿四拜”（逢初一、十五祭拜，一年廿四次）的仪式向观音大士敬献长明烛（千斤烛）各一对，用彩车、乐队护送运来，择时举行燃烛仪式，香客们拈香肃立，神情庄重，虔诚可掬。庙会高潮从二月十九凌晨2点开始，由数名先生轮流以敲鼓唱词形式唱出观音菩萨一生经历，并向观音表白捐赠缘银者心愿，以求观音菩萨保佑。直至晚上10点才结束整个仪式，庙会活动随之降下帷幕。
清真禅寺始建于宋末元初，历年屡有修建，现存建筑以中轴线依次为山 、钟鼓楼、放生池、一进门台、二进白衣丞相殿、三进观音殿等，总占地面积约一万平方米，为全国百大宗教寺庙之一。
据宋代蔡京《史话碑》记载：相传中国春秋时代妙庄王的三公主妙善，自幼笃信佛教，长大后执意要做尼姑，后被庄王逐出宫外，独自在深山学佛修行。庄王遂以抗王命的罪名杀了他。玉帝闻迅后，命阎王去救妙善，使她复活于紫竹林中。妙善转世后，专修菩萨道，行菩萨行，成为救苦救难、大慈大悲的观音菩萨。