集装箱管理是
集装箱运输系统中极其重要的环节，也是一项十分重要的工作。其内容包括集装箱的备箱、租赁、调运、保管、交接、发放、检验及修理等工作。做好集装箱箱务管理，对降低集装箱运输总成本，减少置箱投资，加快集装箱的周转，提高集装箱货物的装载质量和货运质量和提高企业经济效益均具有重要意义。
船舶代理人根据集装箱班轮公司和集装箱营运人的要求，负责码头和场站集装箱的跟踪，盘存和管理工作，办理集装箱进出口报关、报验、查询、调运、发放、起租、退租、转租、检验、修理、清洗、熏蒸、卫检以及箱管费收等工作，并按代理协议的规定，向委托人提供有关集装箱跟踪管理的信息报告。
船舶代理人在船舶卸毕后1个工作日内向船公司或委托人发卸船报或输入有关电脑系统；根据集装箱载货清单和理货机构的卸货记录核对进口集装箱的箱数和箱号；代船公司或委托人办理进口集装箱的箱体报关手续；办理放箱手续。
进口集装箱的发放、交接应根据提货单(交货记录)等文件内列明的集装箱交接条款，实施《集装箱设备交接单》制度。从事集装箱业务的单位必须凭集装箱管理人签发的设备交接单办理进口集装箱及集装箱设备的提还箱、出场进场手续；对集装箱的超期使用或租用或集装箱及集装箱设备的灭失和损坏应支付超期使用费、租箱费和承担赔偿责任。
集装箱运输中使用的集装箱大多由集装箱班轮承运人提供(这种箱子称为COC)。但是，有时托运人也会提供自己所有的集装箱来装载货物，这种由托运人提供的集装箱称为货主自备箱(SOC)。对于SOC，承运人在交付货物时，应将货物连同集装箱一起交付给收货人c但并非在集装箱载货清单上记载有x赠字样的集装箱都应交付给货主，如果集装箱属某个集装箱营运人所有，那么对于集装箱班轮公司而言，箱子就是SOC，但箱子却不属于货主，所以若集装箱营运人委托集装箱代理人代办箱务管理工作，则代理人同样应按规定做好管箱工作。
船舶代理人根据用箱单位的要求和船公司或委托人的规定或指示，办理集装箱空箱发放调运和报关手续；根据集装箱预配清单，办理放箱手续；按货主要求提前通知有关方做好冷藏箱装箱前的预检和预冷；根据船公司的管理要求正确放箱，并监督货方正确用箱，如有误用，可以强行指令用箱人在装船前倒箱或采取处理措施。船舶装毕后1个工作日内向船公司或委托方发装船报或输入其指定的有关电脑系统。
出口集装箱的发放、交接应根据出口订舱单或出口集装箱预配清单等文件内列明的集装箱交接条款，实施《集装箱设备交接单》制度，以明确集装箱代理人，用箱人以及
集装箱堆场互相的责任、权利和义务。
船舶代理人对进口集装箱拼箱货，应催促码头货运站及时拆箱，加速货、箱周转；备妥适：货空箱供出口装货使用；联系破损集装箱的修理；安排污箱和装载危险货物集装箱的清洗；承办
集装箱检验、查询、盘存和跟踪、租赁等业务；收取集装箱超期使用费。