光绪三十一年(
1905年)正月组成。光绪三十年(1904年)日俄战起,十二月袁世凯奏请以
武卫右军主力和张之洞的南洋自强军主力,加上从第三镇抽调步队各标第二营(共四营)等合编组成。次年正月成镇。初为北洋第四镇。光绪三十一年(1905年)6月,全国军队统一编号,改称陆军第六镇。驻
北京南苑。辖第11协和第12协。历任统制有
段祺瑞、
王士珍、赵国贤、
吴禄贞、
李纯。
徐树铮曾任段祺瑞的参谋。
武昌起义爆发时,其统制是
吴禄贞。11协协统李纯,12协协统
吴鸿昌,参谋官张联棻。1911年11月7日,吴禄贞被
马步周暗杀。之后,李纯接任六镇统制,参加南下镇压辛亥革命军事行动。
李纯都江西后,
马继曾继任六师师长。护国战争时期六师进军湘西,因遭贵州护国军强烈,马继曾兵败,于
湖南省麻阳县自杀,第11旅旅长
周文炳升任。不久周亦兵败,患上精神病,乃由第12旅旅长
齐燮元升任。