查柯·阿旺扎巴大师（语自在称），于公元十四世纪出生在“查柯”地区，即现在被称为四川省阿坝州马尔康县境，距成都市约四百公里。大师在年轻时候出家后，即来到拉萨依止宗喀巴大师学习显密教法，尽得传授，获得善巧博学的名位，被宗喀巴大师赐号为“大堪布”。

阿旺扎巴大师是宗喀巴祖师之最初弟子之一，与另外三位祖师并称为“宗喀巴早期四徒”。在由宗喀巴倡办之广愿大法会中，阿旺扎巴为主要筹办人员之一。著名的《三主要道》即是宗喀巴大师为他创作的。

在颂文最后的颂辞中说：“如此三主道扼要，吾子如实通达时，当依静处起精进，为究竟事速修持。”称阿旺扎巴大师为“吾子”，宗喀巴大师对其心子阿旺扎巴的喜爱已跃然纸上。 在其他著作及信函中，宗喀巴大师极少这样称呼其他的弟子。阿旺扎巴与宗喀巴二师徒曾于拉萨大昭寺天成五相大悲观世音菩萨像前，共同作斋戒闭关，并猛力祈祷怙主大悲观音。其间宗喀巴大师嘱阿旺扎巴观察梦境内容，阿旺扎巴梦见天上有两只白螺降下合而为一，跌入了他的怀抱，他取螺向东方一吹，螺音震动了整个东方。第二天，阿旺扎巴向宗喀巴大师报告梦境，大师便说：“这是预言你将回到你的故乡——东方嘉绒地区(注：即成都以北，拉萨以东)广弘正法，而且弘法事业将十分成功。”大师把自己的念珠赠予阿旺扎巴，阿旺扎巴便发愿说：“弟子为报师恩，发誓必建成如同此串念珠数之寺院！”此后，阿旺扎巴果然回到他的家乡，建成了一百零八座寺院，其中最大及最后的一座即大藏寺。

在建造大藏寺前，阿旺扎巴选了两块佳地而犹豫不决，其中一块地为现今寺院所在。有一天，他在草原山上遥望，心中正在盘算寺址选址之问题。这时候，有一只大乌鸦飞来衔去了他手上的哈达，飞至现在之大藏寺所在地上的一株柏树，把哈达挂了在树枝上。阿旺扎巴走过去一看，见树下有一大蚁穴，便认为这是意味着将来寺院兴旺之意。阿旺扎巴没把柏树砍下，反而把其枝干切去，以树之主干为柱而环绕建成大雄宝殿。所以，大藏寺之建寺选址是由一只乌鸦决定的，它是大藏寺护法六臂嘛哈嘎啦之化身。上述这根柏柱现在仍保存下来，大家仍可在大藏寺看得到它。

在选地的修建过程中，阿旺扎巴又遇上了很多障碍，例如在日间修建的墙，在第二天早上却已倒塌，这是由于当地之苯教（西藏本土的原始信仰）法师所施之邪术所致。阿旺扎巴正在苦恼之际，神秘的乌鸦又出现了，他便马上写信系于乌鸦的爪上，乌鸦便飞到当时远在拉萨的宗喀巴大师跟前。宗喀巴大师收信后，便著成了《怖畏金刚十三尊坛城仪轨》及降伏障碍之密法，交乌鸦又带回予阿旺扎巴。阿旺扎巴依照大师所示，修持密法除障，最后才建成寺院。大藏寺是阿旺扎巴发愿建造的一百又八座寺院之最后一座。其它尚建有运成寺、三汇寺、吉祥轮寺等108座寺院。

相传大师于寺院竣工时如释重负地喊了一声：“大藏！”这句藏语是“完成了”的意思，自此这就成为了寺院之名称。大藏寺建成时为公元1414年，比色拉寺、哲蚌寺、塔尔寺、扎什伦布寺及拉卜楞寺等都要早。阿旺扎巴所建之寺院中，有不少现今已不复存在了。大藏寺在全盛时期有八百五十僧人，僧舍有一百零八座，每一僧舍中都有全套《大藏经》。

阿旺扎巴在建成一百零八座寺院后，于晚年又建了一间小寺，叫做“茶各寺”，约距大藏寺一百多公里。大师最后于此小寺圆寂，其圣身被供于塔内。在几十年前，小寺及灵塔被毁，但大师的部份头骨被抢救保存了下来。在1983年，当地又重建寺院及灵塔，把大师之部份头骨重新入塔奉安，塔旁为其亲弟初志札巴大师之灵塔，初志札巴也是一位有学问及大修行的出家人，于其兄退位后任大藏寺的第二代堪布。宗喀巴大师曾说过，自己成佛后的第一口正法甘露就是赐给阿旺扎巴大师的，由此可见大师喜欢阿旺扎巴之一斑。