阿尔法军团是著名桌面战棋游戏战锤40k中的一个虚构军事组织。阿尔法军团原先是隶属于人类帝国的星际战士第二十军团。后来在荷鲁斯叛乱中背叛人类帝国，成为令人类帝国最头疼的游击部队。

阿尔法军团的基因原体阿尔法瑞斯过去的出身和军团一样十分神秘，阿尔法瑞斯和他的军团以保密闻名，甚至连他们的星际战士兄弟们也对他们了解甚少。阿尔法瑞斯是最后一个在荷鲁斯叛乱之前被找到的基因原体。

阿尔法瑞斯是在大远征(GreatCrusade)末期和荷鲁斯叛乱之前的时间被发现的。一支影月苍狼军团的侦查队正在观察一个新的银河系时突然被一堆轻型战机攻击。虽然这些战机的设计十分原始，但那些攻击机有极高的协调力而且当那些战机被迫撤退时，影月苍狼再追击时直接冲入了一个太空星雷阵。影月苍狼的援军到了後，荷鲁斯亲自登上了被炸伤的战舰。他发现船上的船员都楚于高警戒的状态因为有一小群敌人强行登上了观测船并且正在往舰桥移动。

荷鲁斯留下来带领在舰桥上的防御。根据记载，有五个人冲入了舰桥。荷鲁斯打爆其中四个人的头，但是第五个人一样闪开了爆弹枪的子弹。其他守卫的攻击虽然减慢他的速度，但是没有阻止他。他在要抓住荷鲁斯喉咙的前一刻停住，发现对方原来是自己的兄弟。

据传，荷鲁斯并没有马上把阿尔法瑞斯送回去见帝皇。他训练了自己的兄弟，有时候让他担任影月苍狼的战术指挥。他对阿尔法瑞斯的技巧和足智多谋感到印象深刻，同时阿尔法瑞斯也对荷鲁斯的军事能力感到敬佩。

后来，阿尔法瑞斯被送去会见帝皇，但是他们两个并没有相聚很久因为帝国管理的需求。阿尔法瑞斯很快就得到了第二十支星际战士军团的指挥权，也就是阿尔法军团。

阿尔法军团是最后一支为了大远征而创造的星际战士军团。阿尔法瑞斯想要赶快证明自己的能力。他们第一场战役十分的成功，且阿尔法瑞斯善用的战术很快的就被整支军团给精通。阿尔法瑞斯认为最好的攻击模式是由很多种不同的方向一起攻击，并且让指挥官有最多的选择权才是通往胜利的道路。没有任何一批阿尔法军团的军队在没有备用计画的情况下攻击，他们随时都准备从侧面或是运用渗入行动攻击敌人的弱点。

根据帝国典籍记载，阿尔法瑞斯不停的训练手下的军官，鼓励他们独立思考并听从他们的意见。他不停的给他的军官各式各样的挑战，有时候甚至会突然从战场上消失的方式来使他的军官及部队更能够适应临场应变的能力。有时候，他会完全消失一阵子来评估阿尔法军团在没有指挥官的情况下的表现。

在一场和极限战士的基因原体罗保特·基里曼的争论后，阿尔法瑞斯更努力的鞭策阿尔法军团。找寻更困难的挑战来证明基里曼认为阿尔法军团永远都无法和极限战士相比的想法是错的。他知道自己没办法和他们打赢战争的次数相比，所以阿尔法军团寻求打赢的战争的品质。

防御工事。根据估计，当地至少有一百万名士兵准备抵挡星际战士的攻击。

阿尔法军团发动攻击，将火力集中在几个重要的区域。当进攻部队登入时，事先在渗透行动中被藏好的炸弹被引爆了。让被攻击的区域和增援隔绝，当地的民兵采取了各式各样的反制行动，但是这些早就都被神机妙算的阿尔法军团给料到并化解了。在一个礼拜内，在只损失了极少数星际战士的情况下防守军损失了百分之九十的战力。

很快的，不久之前在达文（Davin）上被混沌腐化的荷鲁斯以他在伊斯塔万三号和伊斯塔万五号的行动背叛了帝皇，阿尔法军团是其中一支被帝国送去摧毁荷鲁斯和他的同盟的军团。被安排在第二波攻击时，阿尔法军团显露了他们早已加入了荷鲁斯的叛军势力，登陆了伊斯塔万五号并在之后被命名为“登陆场大屠杀”(Drop Site Massacre)中摧毁了钢铁之手、火蜥蜴和暗鸦守卫这三支忠诚的军团。一些学者相信这项陷阱其实就是阿尔法瑞斯帮忙设计的，因为这个陷阱和阿尔法军团善于奇袭的风格极为相似。

当其他叛变的军团继续向泰拉(Terra)进攻时，阿尔法军团很明显有其他的目标，去寻找并攻击他的星际战士宿敌。仍然记得自以为是的基里曼对阿尔法军团比起其他军团根本什么都不是的评论，阿尔法瑞斯再度去证明基里曼的错误，打败了白色伤疤军团和太空野狼军团，并占领了无数的星际战士哨站。甚至在荷鲁斯被打败后，阿尔法军团的锐气仍然不减，最后终於在伊斯卡瑞多(Eskrador)碰上了极限战士军团。

这场战役的战术是直捣阿尔法军团的心脏然后再将其他零碎的军队包围并消灭。充满正义感的基里曼亲自率领极限战士攻往阿尔法军团营地的进攻，并强迫阿尔法瑞斯和自己单挑。这场战斗的结果有很多种说法，有一些人说阿尔法瑞斯被一拳打死，有一些人则认为基里曼只把阿尔法瑞斯打退。不管如何，阿尔法军团并没有因为失去主帅而被摧毁：阿尔法瑞斯的训练让他的军官们在失去主帅时也不会阻碍阿尔法军团的运作。两个礼拜后，绝望的基里曼放弃并结束了这场战役。

阿尔法军团在帝国重整和帝皇被放入黄金王座(GoldenThrone)的这段时间消失灭迹。他们并没有和他们的同胞一起撤退至恐惧之眼(EyeofTerror)，他们仍然躲在一些藏在帝国中的基地里。摧毁阿尔法军团是帝国的星际战士和审判庭的优先计划之一，有时候审判庭会发布阿尔法军团已经被摧毁的消息。可是他们每次都成功生存并在一阵攻击后重新出现。

For the Emperor!（为了帝皇！）或 Hydra Dominatus！（九头独尊！）

在电脑游戏《战锤40000：战争黎明》及其资料片中曾两次登场，第一次是在战争黎明原版中登场，在塔尔塔罗斯与由加百列·安吉洛斯所领导的血鸦战团第三连交战并被其击退。第二次则是在资料片《灵魂风暴》中作为可扮演势力登场。

在官方小说《Legion》一书当中，阿尔法军团被首次提到拥有两个原体：阿尔法瑞斯及他的孪生兄弟欧米伽，后者的存在只有原体本人及为数不多的阿尔法军团高层知晓，然而这一秘密却被无数个世纪以来一直致力于对抗混沌的异星人团体“密教”通过科技手段所侦知。