镶嵌进化（mosaic evolution） 指进化中表现型的各个部分独自地进行变化。最易看到的是
菊石类的进化。
（1）在
人科的系统发生（进化）中，早期为了双肢移动，特别是腰带发生了变化，另外头骨形状和脑的大小也在其后发生了迅速的变化；
（2）在
象的系统发生中，Mam－muthus和Elephas系统，早期
臼齿迅速变形，额部稍现短化；在Loxodonta系统中，最早期就发生了额部短化，但另一方面，臼齿变化却很迟缓；
（3）
腹足类的Acteon和Architectonica，进化程度是介于其祖先前鳃类与其后代后鳃类之间，后鳃类的鳃及其雌雄同体性已经定型，但其朝向前方的外套腔、厣、捩神经系统则表现为前鳃类的阶段。
在镶嵌进化过程中，调节系统具有一定自主性，在某一部分结构发生变化后，可能为推动其余结构形态与机能相适应，而促使相关联部分也迅速进化；但也可能任由某些部分滞后于其他变化。