1948年的南京，国民党政府冒天下之大不韪，悍然发动内战。两年过去，导致大量军费开支，中央财政近乎崩溃。为弥补国库亏空，拆东补西，秘密拟定了一项冒险的金融改革计划，改“法币”为“金圆券”，妄图利用改换币制，摆脱日益恶化的通货膨胀，力挽狂澜于即倒。
以总经理侯安平为首的亚东银行为了争夺金圆券代理发行权，从“财、色”两个方面发动了对政府高官的秘密贿赂，一名心地善良的普通小会计秦兆旭无端被裹挟在了这场权钱交易的暗流中，进退两难。一桩深夜发生在别墅的命案使剧情惊心动魄，名震京沪的越剧名伶白燕燕三月前明明已经告别舞台移居美国，却被意外发现和她的哑巴女佣双双倒在了南京城外“静一斋”别墅的血泊中。郭智仁和他的督察大队从这一桩刑事案件中抽丝剥茧，却查出了一件牵连到国民政府办公厅几位高官的惊天受贿大阴谋！就在贪官纷纷浮出水面、真相即将大白之际，却被南京政府最高首脑下令无限期休庭。
《金陵秘事》更像是一部反思剧。该剧对当时国民政府的经济贪腐情况有着重要描述，而一些涉及通胀、民生、潜规则和女星饭局的事例层出不穷，让当下的人觉得有些似曾相识。如今流行的电视剧，谍战、宫廷、穿越、苦命言情扎堆，对当下现实反思的极少。情怀是个奢侈品，在电视剧里谈情怀，多数人都会嗤之以鼻，那么作为创作者，你的态度是当场被讥笑得脸红，还是坚持自己迎难而上？在收视率压力下的资本时代，这是个“tobeornottobe”的大问题。有时候，未来是由历史来告诉的。我们纪念辛亥，有相当一部分情感是反思辛亥。我们关注情怀，有相当一部分情感是因为现实“风霜刀剑严相逼”。《金陵秘事》的反思，就在于其对现实高度的情感关注。
从电视剧本身来说，《金陵秘事》有个不小的问题，就是节奏太慢，情节进展有些拖沓。演戏呢，不必所有都说破的，一个眼神，一个细微小动作，比大段台词表述都可能会好。但该剧很多内容却是近几年少有的涉及到国民党高层之间明争暗斗的事儿，部长级别的人物围绕着一位越剧名伶展开了争风吃醋、投怀送抱的“
金枝欲孽”，称其为国民党高层之间的宫闱戏，也并不过分。而这样大尺度，却巧妙地将主要故事的矛盾点都围绕在风月情事和案件追踪上，显得很是讨巧。观众是喜欢看风月的，观众也喜欢看探秘，于是收视率就跟着来了。
《金陵秘事》也称之为民国悬疑大戏，然而什么样的民国戏才能让口碑和收视率都赢，好角度、好剧本、好主创、好情怀还是好营销？其实皆是天命。有太多热播剧是开播前迟迟找不到买家的，有太多因一部戏而红的演员之前是不想演那部戏的，《金陵秘事》展现旧南京时期的“华尔街”风云再诡谲，尘封多年的政治阴谋再辛辣，都得跟小小的遥控器掰一下手腕。制片人郑凯南加入新原野后就做了这个剧，导演是有过多部热播剧的楼健，他们制造了这部以“揭露”为主的作品，没有刻板说教，只有步步惊心的故事。