金门县人民政府是中华人民共和国曾经设置的行政机关，曾是福建省泉州市金门县的地方国家行政机关，管辖区域只有中国大陆实际控制的金门县大嶝岛、小嶝岛和角屿。

1949年9月9日，金门县划归福建省第五行政督察专员公署。同年10月9日，中国人民解放军占领金门县的大嶝乡，包括大嶝岛、小嶝岛和角屿，晋江地区将其委托南安县代管。

1949年11月，中共晋江委员会、专员公署正式任命陈奕东为中华人民共和国第一任金门县县长，但并未设置金门县人民政府。由于朝鲜战争爆发，解放金门一事被暂时搁置，陈奕东也因此被调任其他职务。

1950年4月，中共金门县工作委员会撤销，所属大嶝区划归南安县，成为南安县第12个县辖区。金门县及南安县隶泉州行政督察专员公署。9月，改晋江区专员公署。

1953年12月，中共晋江专区委员会决定，由梁新民任金门县长，兼南安县副县长，刘基固任中共金门县工委书记。