重庆市中医院成立于1902年，是一所三级甲等综合性公立医院，现为重庆中医药学院附属第一医院和第一临床学院，北京中医药大学附属重庆市中医院，成都中医药大学附属重庆中医院和第四临床医学院。

1902年，由法国天主教会创办的仁爱堂医院成立，位于重庆市渝中区。医院首任院长为法国人阿特里昂。初期仅设门诊部，由教区聘请教友中医师2人应诊。同年，医院来了4个懂医术的修女，开始诊治病人。仁爱堂医院是法国人在重庆开办的第一家西医院，也是重庆开办的第三家西医院。

1933年，医院更名为重庆市市民医院。

1936年，增设住院部，有病床60张。

1944年，更名为国民政府陪都中医院，是民国时期首家国立中医院。

1951年，与西南卫生部工人医院合并，更名为西南卫生部新渝医院。

1953年，划为重庆市第七人民医院。

1955年，更名为重庆市第一中医院（迁至一号桥）。

1975年，改名为重庆市中医研究所。

2003年，与重庆市中医院（即原重庆市第二中医院）合并为新的重庆市中医院。

2008年，与重庆市中西医结合医院（重庆市第一人民医院）合并。

2012年成为北京中医药大学非直属附属医院。

2018年成为成都中医药大学第四临床医学院。

2023年7月13日下午，重庆市中医院Ⅰ期临床试验中心正式揭牌。

2023年10月16日，重庆市中医院正式成为重庆中医药学院的教学医院。

2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。

2021年3月，重庆市中医院急诊-重症医学科荣获“全国巾帼文明岗”称号 。

2021年8月，重庆市中医院儿科被命名为“第20届全国青年文明号“。

2021年，国家发改委和国家中管局批复重庆市中医院成为“国家中医药传承创新中心”建设单位。

江北区南桥寺院区：重庆市江北区盘溪支路6号

渝中区道门口院区：重庆市渝中区道门口40号