郭瑀少时好学，节操超人。青年时游学到张掖，拜隐居张掖东山著名学者、
略阳人
郭荷为师，潜心攻读，精通经义。郭荷死后，郭瑀为师守孝三年，继承师业，到
临松薤谷（今马蹄寺）开凿石窟，
设馆讲学，著书立说，弟子多达千余人，著有《
春秋墨说》《
孝经综纬》等。
前凉主
张天锡听说郭踽精通经义，品行高洁，便派使者孟公明持谕前往临松山，请郭瑀出山为官。郭瑀婉言谢绝后，且不受逼迫，继续过隐居生活。
前秦宣昭帝
苻坚久慕郭瑀大名，也派使请郭瑀出山制定礼乐
典章，当时郭瑀父亲病逝，其要为父守孝，所以没有前往长安，苻坚派了三百书生前往郭瑀处受业。
前秦太安二年（386年），
王穆在酒泉起兵，对抗背叛前秦的
吕光，派使联络郭瑀与敦煌
索嘏在张掖起兵策应。后来王穆与索嘏不和，要杀索嘏，郭瑀极力劝阻，王穆不听，杀了索嘏。郭瑀万分悲痛，绝食七天而死。
郭瑀字元瑜，敦煌人也。少有超俗之操，东游
张掖，师事
郭荷，尽传其业。精通经义，雅辩谈论，多才艺，善属文。荷卒，瑀以为父生之，师成之，君爵之，而五服之制，师不服重，盖圣人谦也，遂服斩衰，庐墓三年。礼毕，隐于临松薤谷，凿石窟而居，服柏实以轻身，作《春秋墨说》《孝经错纬》，弟子
著录千余人。
张天锡遣使者孟公明持节，以
蒲轮玄纁备礼征之，遗瑀书曰：“先生潜光九皋，怀真独远，心与至境冥符，志与四时消息，岂知苍生
倒悬，四海待拯者乎！孤忝承时运，负荷大业，思与贤明同赞帝道。昔
傅说龙翔
殷朝，尚父
鹰扬周室，
孔圣车不停轨，
墨子驾不俟旦，皆以
黔首之祸不可以不救，君不独立，道由人弘故也。况今九服分为狄场，二都尽为戎穴，天子僻陋江东，名教沦于左衽，创毒之甚，开辟未闻。先生怀济世之才，坐观而不救，其于仁智，孤窃惑焉。故遣使者虚左授绥，鹤企先生，乃眷下国。”公明至山，瑀指
翔鸿以示之曰：“此鸟也，安可笼哉。”遂深逃绝迹。公明拘其门人，瑀叹曰：“吾逃禄，非避罪也，岂得隐居行义，害及门人！”乃出而就征。及至姑臧，值天锡母卒，瑀括发入吊，三踊而出，还于南山。
及天锡灭，
苻坚又以安车征瑀定礼仪，会父丧而止，太守辛章遣书生三百人就受业焉。及苻氏之末，略阳
王穆起兵酒泉，以应
张大豫，遣使招瑀。瑀叹曰：“临河救溺，不卜命之短长；脉病三年，不豫绝其餐馈；鲁连在赵，义不结舌，况人将左衽而不救之！”乃与敦煌
索嘏起兵五千，运粟三万石，东应王穆。穆以瑀为太府左长史、军师将军。虽居元佐，而口咏黄老，冀功成世定，追伯成之踪。
穆惑于谗间，西伐索嘏，瑀谏曰：“昔汉定天下，然后诛功臣。今事业未建而诛之，立见麋鹿游于此庭矣。”穆不从。瑀出城大哭，举手谢城曰：“吾不复见汝矣！”还而引被覆面，不与人言，不食七日，舆疾而归，旦夕祈死。夜梦乘青龙上天，至屋而止，寤而叹曰：“龙飞在天，今止于屋。屋之为字，尸下至也。龙飞至尸，吾其死也。古之君子不卒内寝，况吾正士乎！”遂还
酒泉南山赤崖阁，
饮气而卒。