其父蹇洗，先以“军功”保举四川越省、马边知县，后任江北同知。蹇念益幼年随父读书四川。清光绪十七年(1891年)，父死，扶框返遵主持家中内外事务。二十一年，遵义大旱，受川东兵备道员黎庶昌嘱托，由重庆运粮返遵赈灾，不避嫌怨，精心筹划，使赈灾富有成效。二十六年，八国联军侵华，清政府丧权辱国，大批有志青年纷纷出国留学，探求强国之道。蹇念益东渡日本，留学早稻田大学，攻读政法，以其出众的组织能力当选中国留学生总会干事。三十一年，日本文部省颁布《关于准许清国人入学之公私立学校之规程》。部分中国学生以为不合理，组织罢课，进而主张集体回国，以示抗议。当时中国在日留学生七八千人。蹇念益以为此种行动有损国家，反对集体回国。于群情激愤之时，挺身而出，与江庸等发起组织维持会。经过辩论，说服多数学生留下读书。当时，梁启超于日本办《新民丛报》，主立宪。蹇念益比梁启超小3岁，因政治主张相近，结为莫逆之交. 三十三年，蹇念益学成回国，授七品小京官，任度支部(清末财政机关)行走年，遵义进士唐瑞铜调任河南财政监理官，荐其任副职。任内，与唐瑞铜通力合作对河南财政各自为政、浮收、中饱私囊等弊端，提出统一预算、统一标准、统一收支导取缔浮收等整治方案，经省咨议局通过贯彻执行。此举不仅减轻民众负担，且使河南碱年收入由600万两增至900万两。
宣统二年(1910年)，资政院办理全国预算，河南名前第一，库存余额越200万两。度支部拟拨归国库，蹇念益等坚持留下，后作河南推行新政、兴办教育之用。辛亥革命后，北方党派林立。蹇念益入国民协进会，任常务干事。不久，国民协进会与国民公会等合为统一党，即转入统一党。民国2年(1913年)2月当选为国会议员；5月，统一党与梁启超的共和党合为进步党，又转入进步党，与梁启超更为接近。一时之间，梁启超的谋划，均由蹇念益决断，故有“梁谋蹇断”之说。蹇念益于河南任财政监理官副职时，袁世凯被斥回乡。与之面谈，对袁即有“中于俗者深，又好自用，未足以语大计”之论。
民国4年，袁世凯称帝活动越演越烈。蹇念益与蔡鄂往返京、津间，与梁启超密谋反袁。随即与蔡鄂、梁启超、戴勘、
王伯群、陈国祥、汤觉顿于天津密会，商讨反袁策略与具体办法。会后，蔡鄂、戴敏、王伯群回昆明、贵阳，说服滇、
黔军为基本力里；梁启超、汤觉顿去粤组军策应；蹇念益与陈国祥往返于京、沪间，传递信息，策动冯国璋于民国五年四月通电声援护国军，逼袁退位。 护国战争结束后，各地军阀依然割据称雄，国事未能走上正轨。蹇念益不愿担任政府职，只图以议员身份共定国是。不久，黄兴、蔡鄂等相继谢世，政党分歧至深。赛念益不当议员，日以饮酒消遣。民国18年，梁启超病逝，更觉知交零落、生活寡欢，又逢半身偏废，终于民国19年死于北京，时年54岁。