资金清算系统是支撑各种支付结算工具应用、 实现资金清算并完成资金最终结算划拨的通道。

从业务功能上看，资金清算系统包含4个子系统：

(1)交易清分子系统

用于全行各业务系统交易清分处理的子系统模块，实现全行各类金融业务交易本金、手续费的统一清分和集中处理功能。

(2)资金结算子系统

用于全行资金结算集中处理的子系统模块，实现全行现金和银行存款管理，实现全行人行跨行交易的集中处理，实现全行支付结算的集中处理，实现全行资金调拨的集中处理功能。

(3)公共管理子系统

用于集中处理全行会计工作和清算工作的公共事项的子系统模块，实现全行会计清算统一界面管理、统一身份管理和统一操作事项。

(4)报表子系统

用于集中处理全行标准会计、清算报表和会计分析的子系统模块，负责全行的标准会计报表、清算报表的实现，通过参数化管理实现会计数据的加工与分析功能。

资金清算系统通过电子计算机和通讯网络同步进行资金汇划和资金清算，保证异地汇划资金支付的便捷准确。该系统集汇划、对账、查询查复、监控、账务核算等多项功能于一体，实现汇划与清算同步进行，是银行内部的资金枢纽，资金流动的大动脉。

银行清算系统采用树状多级架构“逐级传送，随时处理，实时清算”的处理方法。由于目前商业银行数据已经实现全国或区域性集中，因此，跨省的资金清算可以在全国的数据中心直接进行处理，再将结果逐级向下转发；省内的清算业务则在省一级清算系统内进行清算。清算信息自经办行(地级行、直辖市行、计划单列市行)柜面(综合柜员、ATM、企业银行等)发起，按规定的格式经地市上传到省分行中心的清算系统处理，再将处理信息逐级向下转发，并进行打印。