西鄂尔多斯国家级自然保护区位于内蒙古自治区鄂托克旗西部和乌海市境内，1995年经内蒙古自治区人民政府批准建立，1997年晋升为国家级，总面积为436116.40公顷。主要保护对象为四合木、半日花等古老残遗濒危植物和荒漠生态系统，属荒漠生态系统类型自然保护区。西鄂尔多斯国家级自然保护区有着独特的气候特点、地形地貌及古地理环境，是许多珍稀动植物，特别是古老残遗植的“避难所”。

1995年西鄂尔多斯市人民政府成立自然保护区。

1997年12月被国务院批准晋升为国家级自然保护区。

西鄂尔多斯国家级自然保护区地跨鄂托克旗和乌海市，地理坐标为东经106°44′32.59″— 107°44′26.300″北纬39°15′02.98″— 40°09′14.820″。保护区面积为436116.40公顷。

西鄂尔多斯国家级自然保护区是36亿年前鄂尔多斯古大陆的一部分，系古地中海浸区经第三次喜马拉雅山隆起而成。

西鄂尔多斯国家级自然保护区气候属于典型的温带大陆性气候，干燥少雨，大风多沙。

2018年鄂尔多斯市西鄂尔多斯国家级自然保护区管理局委托内蒙古自治区地质测绘院对保护区鄂托克境内范围进行了勘查核实，编制完成了《西鄂尔多斯国家级自然保护区范围与功能区划边界勘测定界核准报告》，核准后，保护区范围为东经：106°44′32.59″— 107°44′26.300″北纬：39°15′02.98″— 40°09′14.820″之间，保护区面积为436116.40公顷，其中，核心区面积137128.94公顷、缓冲区面积53784.17公顷、实验区面积245203.29公顷。

1998年制定的《西鄂尔多斯国家级自然保护区建设总体规划》所划定的功能区有：5个核心区、4个缓冲区，其余部分为实验区（包括1个珍稀植物繁育区、2个旅游区、1个工业控制区、1个荒漠植物园）。

伊克布拉格核心区：面积1.85万公顷。主要植物群落类型有红砂、沙蒿、半日花、四合木等。其缓冲区面积0.63万公顷 。

蒙西核心区：面积1.29万公顷。主要植物群落类型有四合木、半日花、沙冬青、红砂、珍珠、小禾草、霸王等。其缓冲区面积0.41万公顷。

阿尔巴斯核心区：是为保护荒漠草原和草原化荒漠群落及其过渡带而设置的，面积3.8万公顷。其缓冲区面积0.21万公顷。

乌海四合木核心区：是为保护四合木群落而设置的，面积0.49万公顷。它是保护区内四合木群落长势最.好，成片面积最大的区域。位于桌子山与岗德格尔山之间的台地上。

棋盘井半日花核心区：是为保护半日花群落而设置，面积0.8万公顷。该区群落类型简单，多为半日花为建群种的群落。其缓冲区面积0.46万公顷。

实验区：

1.荒漠植物园面积，0.27万公顷。

2.乌海珍稀植物繁育区，面积5518公顷。

3.胡杨岛旅游区，是由黄河段上的5个小岛组成，面积70公顷。

4.石峡谷旅游区，面积2620公顷。

5.工业控制区：位于乌海四合木核心区的东端和南端，面积3712公顷。

西鄂尔多斯国家级自然保护区主要保护对象为四合木、半日花等古老残遗濒危植物和荒漠生态系统。

截止到2011年，现已查明保护区内有野生植物335种，（野生动物120多种），其中国家重点保护植物7种，即四合木、半日花、绵刺、沙冬青、革苞菊、蒙古扁桃、胡杨等；已被列入内蒙古自治区珍稀濒危植物的有：四合木、半日花、绵刺、沙冬青、革包菊、蒙古扁桃、内蒙古野丁香、贺兰山黄茋、大花雀儿豆、长叶红砂、阿拉善黄芩、白龙穿菜、灌木青兰等13种；被列入《中国生物多样性保护行动计划》中植物优先保护名录的有：半日花、革包菊、沙冬青、绵刺、四合木等5种。保护区内古老残遗种及其他濒危植物有72种，其中四合木和半日花是第三纪孑遗物种，距今已7000万年，被专家、学者赞誉为植物中的“大熊猫”、“活化石”。

历史上西鄂尔多斯地区是内蒙古西部野生动物富集区，长期以来，由于人为活动频繁，特别是现代工业注入，使得许多野生动物物种从此地消失灭迹。如桌子山山地的岩羊、胡兀鹫、东部波状高原的普氏原羚、黄羊等。现有的大中型兽类仅存岩羊、狼、赤狐等少数物种，且数量也十分稀少。

西鄂尔多斯国家级自然保护区也是旅游观光的胜地，这里有鄂尔多斯独特的民族风情以及自然、人文历史遗迹，最著名的有国宝阿尔寨石窟，鄂尔多斯最高峰桌子山、以及以坐阐洞著称的迪延庙和神奇的百眼井、大峡谷等20多处景点。

鄂尔多斯生物多样性的研究一直是国内外生物学家、生态学家和地质地理学家研究和关注的地区。俄国人、法国人和日本人在19世纪未和20世纪初都在这里进行了考察，并发表相关的研究报告，20世纪60年代李博、陈昌笃、雍世鹏、刘钟龄和赵献英等代表中科院宁夏内蒙综合考察队对此地植物区系和植被进行了考察，80年代黄兆华、董光荣和张强代表中科院进行鄂尔多斯地理环境演变考察，90年代李博应用遥感技术对鄂尔多斯进行自然资源与环境的综合考察。《中国生物多样性行动计划》在优先保护生态系统名录中，把位于西鄂尔多斯高原的阿尔巴斯山地定为中国荒漠的草原生态系统中具有国际意义的第一类保护地点，把分布在这里的四合木（国家二级保护植物）、沙冬青（国家三级保护植物）、绵刺（国家二级保护植物）、半日花（国家二级保护植物）、蒙古扁桃（国家三级保护植物）和革苞菊（国家二级保护植物）列为优先保护植物名录（傅立国，1992）。由于这一地方独特的植物组成和地质演变过程，先后对此进行了专项研究的有：植物区系地理研究有赵一之,1995，1997，2000；植物形态特征和生物学特性有刘果厚，1998；水分生理抗性方面有周宜君，2001；江勇，1999；将志荣，2000；董光荣，1998；扬持，1998；种群和繁殖特性方面有扬持2000，2001；王迎春，2000；、高润宏，2000，2006，2007；群落方面有徐庆，2000；扬持，1996，2001；刘家琼，1995；电镜解剖方面有李琪，1993；屠骊珠，1994，1990；王迎春，2000；韩善华，1999，2000；生理抗逆性方面有高润宏，2001等。

2001年，鄂尔多斯市编委批准保护区管理局为副处级建制，属财政全额拔款单位。管理局现有局长1名（副处级），副局长3名（正科级），领导协助1名（正科级），科长2名，副科长3名；中共党员11名；初高级专业技术人员11名，全部为大专以上学历；内设人事秘书科、计划财务科、资源管理科、生态监测科、项目管理科5个科室，下属蒙西、伊克布拉2个管护站。

1．管护站的建设：包括基础设施及管护人员的雇用。

保护区共有人员12人。除少数科室，如财务科等人员固定外，其他科室人员均一人多职，一职多能。而保护区面积大、管护任务繁重，以前国家投资的项目中基本没有管护工程的投入，为切实加强管护工作，保护区雇用205名管护人员对保护区进行巡护、监测，这些人员没有固定的办公地点和办公设施，一般都是与当地村嘎查签订管护责任书后，由村嘎查长们联系，没有固定的培训、学习，对管护工作中许多难点无法解决，因此，需要在每个核心区建立管护站，对管护人员进行规范管理，加大培训力度，制定管护措施，加大管护管理。

2．资源保护工程：保护区按照国家要求,为保证合理管理和保护,促进地方经济与保护区建设和谐发展,对范围进行了重新划定,原来的一些界桩、标牌等设施由于固定不能二次使用,部分有坏损、破裂之象,因此，结合重新划界后保护区实际情况,对一些标牌、碑、界桩等进行补充建设，同时对划界后保护区范围进行重新围封。

3．防火工程：西鄂尔多斯自然保护区防火中存在的主要问题有防火工作起步晚，底子薄，防为火难度高，情况复杂，防火道路路况差，无防火设施、设备，无专业扑火队伍，社会情况复杂、火险隐患大等。

主要建设内容有：火情瞭望监测系统建设；远程监控系统建设；林火信息及指挥系统建设；扑火机具装备建设和基础设施建设。

4．宣教工程：宣传教育是保护的基础性工作。保护区对外宣传工作主要以社区政府机关、企事业单位、居民、中小学生为对象。

西鄂尔多斯国家级自然保护区地处亚非荒漠东部边缘，为西鄂尔多斯荒漠化草原和东阿拉善草原化荒漠的过渡地区，是古地中海孑遗植物四合木、半日花、绵刺、沙冬青、革包菊、蒙古扁桃、胡杨等集中分布的地方。区内现已查明高等植物335种，其中特有古老残遗种及其它濒危植物有72种，占全部植物种数21.79%，被列为国家重点保护的野生植物有7种。特别是四合木和半日花仅分布于保护区的小面积范围之内，具有极高的保护和科学研究价值。

西鄂尔多斯国家级自然保护区还保存着极高的保护和科学研究价值。此外，保护区还保存着极其珍贵的古地理环境，古生物化古十分丰富，山地地层剖面明显，是非常珍贵的天然史书。因此，该区的建立，不仅在生物多样性的就地保护方面具有极为重要的意义，而且对研究生物的起源、发展演变以及地质构造和古地理环境均有着深远的意义，同时，对于保护和改善中国荒漠地区的生活环境和探索荒漠地区可持续发展途径也具有重要的价值。