军政长官公署，是作为跨省区军事区域的指挥单位，负责直接指挥责任区的作战任务，是跨省区的军事机关。

军政长官公署，是作为跨省区军事区域的指挥单位，负责直接指挥责任区的作战任务，是跨省区的军事机关。抗战结束后，作为第一线指挥、与共产党军队决战的军事单位，就是剿匪总司令部。“剿匪总司令部”是对中共进行武装“围剿”的军事指挥机关。大体而言，一个典型的剿总下辖若干兵团、警备司令部、绥靖公署、战区以及绥靖区等，层级大体与军政长官公署平行，但在军事战斗中，指挥层级往往比军政长官公署要高。

西北军政长官公署就是由“西北剿匪总司令部”改称而来的，两者时期不同。

1、国民政府于1935年11月设立“西北剿匪总司令部”，在抗 战之前驻地西安，代总司令张学良，后因西安事变与抗战而撤销。

2、抗战期间原为第八战区，1946年3月后改为西北行营，以张治中为主任。

3、1946年10月改为西北行辕。

4、1948年后改为西北军政长官公署，驻地兰州，主要战斗区域为河西、青海以及新疆地区。

5、长官张治中、胡宗南，后又改为西安绥靖公署，主任胡宗南，1949年春天更换主任为马步芳

指导的最重要战役为兰州战役，以失败收场，后因酒泉起义而解散。

西北方面部队又称陇东部队，除了胡宗南部队、宁夏马家军（宁马）之外，以“青海马家军”（简称青马）最为重要，也是马步芳的主力部队。