袁世敦是
袁保中的嫡出二子，因是“嫡出”，在项城袁氏家族中虽非长子却是“长门”。他也没有走通科举入仕的道路，而是捐了个“盐大使”的虚衔。虽是虚衔，也是正“八品”，可以得到一张吏部所发的“执照”，取得某一类官员的资格。但如果想补实缺，还必须到吏部报到，也就是“投供”。当时袁世凯已经是朝廷大员，自然要为这位“长门不长子”的哥哥“投供”，结果被吏部分发到
淮北候补。
因为袁氏家族为清廷世宦的关系，袁世敦多次得到重要的差使。
张汝梅出任
山东巡抚后，马上把他调到山东，秘密保奏他为候补知府，同时管代营务处兼巡河工。
当时义和团在山东方兴未艾，光绪二十五年（1899）仅一个平原县就设有拳场七百余处。八月份，其中一位名叫
李长水的首领与教民发生冲突，导致部分拳民被捕。李长水向邻县的义和拳首领
朱红灯求援，十月，朱红灯率拳民三百人，与平原县的清兵大战，大败清兵。袁世敦受命率兵弹压，于十月十八日联同数县兵马，在平原城西南与朱红灯大战，清军死伤惨重。但最终在十一月二十一日，朱红灯还是中计，被袁世敦诱捕。尽管如此，继张汝梅任山东巡抚的
毓贤，仍因“清剿”不力引起列强不满，清廷被迫将他撤换。袁世敦也因“纵勇扰民”，“被议除职”。
据清史专家
骆宝善考证，袁世敦其实是“代弟受过”，因为袁世凯的政敌拿袁世凯没办法，就“杀鸡儆猴”，拿他哥哥下手，说袁世敦“纵勇扰民”，这才导致朝廷将他
革职并驱逐回籍。袁世凯维护不力，自然令袁世敦对弟弟含恨在心。后来袁世凯回乡葬母，才有了所谓“嫡庶之争”——袁世敦坚决不让袁世凯的生母入祖坟与父亲合葬。袁世凯无奈，只好另辟新茔葬母于红冢凹。
光绪二十八年（1902）六月，
张之洞奏请为袁世敦平反，朝旨准袁世敦开复原官。宣统元年（1909）六月，袁世敦逝世于济南，身后之事由山东巡抚
孙宝琦、臬台
胡建枢和道员
徐世光等操办。