非蛋白氨基酸则是指在蛋白质内找不到（如carnitine、
GABA和
L-DOPA），或没有被标准
遗传密码编码（如hydroxyproline和selenomethionine）的其他氨基酸。后者通常源自于蛋白质的转译后
修饰作用。
（1）脂肪基
侧链：丙氨酸（Ala）、缬氨酸（Val）、亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（ile）、脯氨酸（Pro）、蛋氨酸 （甲硫氨酸）（Met）
2、含极性、中性R基的氨基酸：谷氨酰胺（Gln）、丝氨酸（Ser）、
苏氨酸（Thr）、
半胱氨酸（Cys）、天冬酰胺（Asn）、
酪氨酸（Tyr）、
甘氨酸（Gly）