由藤原式家所拥立的
光仁天皇即位后，藤原式家的政治影响力上升，藤原种继的官位也随之上升。特别在藤原种继的伯父
藤原良继、叔父
藤原百川去世后，藤原种继成了
藤原宇合的众孙之中的最年长者，成为藤原式家的代表。
桓武天皇对藤原种继非常信任，视之为心腹。藤原种继是迁都
长冈京的策划者和执行者。
延历年间，藤原种继历任
参议式部卿、
中纳言。
785年（延历4年）藤原种继被反对迁都的贵族暗杀。以藤原种继暗杀事件为契机，
早良亲王被指为慕后黑手，在流放之时，绝食抗议而死。著名诗人
大伴家持也被指为主谋，在他死后，朝廷不允许遗体下葬。
766年（
天平神护2年），藤原种继由从六位上升为从五位下，同时叙爵的人还有
和气清麻吕。
768年（
神护景云2年），藤原种继升为美作守。
771年（
宝龟2年），藤原种继升为纪伊守，不久转任山背守。
774年（宝龟5年），藤原种继的位阶升为从五位上。
775年（宝龟6年），藤原种继升为近卫少将。
777年（宝龟8年），藤原种继的位阶升为正五位下。778年（宝龟9年），藤原种继升为左京大夫。
780年（宝龟11年），藤原种继升为正五位上、下总守。
781年（
天应元年），藤原种继升为从四位上、近江守，不久又升为左卫士督。
782年（延历元年），藤原种继升为正四位下、参议。
783年（延历2年），藤原种继升为从三位、式部卿兼近江按察使。
784年（延历3年），藤原种继升为中纳言。
784年（延历3年），桓武天皇希望迁都，有“天皇极其信任、内外之事皆决之”的评价的藤原种继提倡迁都于山背国乙训郡长冈之地。藤原种继被任命为造长冈宫使，奉桓武天皇之令，带领藤原小黑麻吕（藤原北家）、佐伯今毛人、纪船守、大中臣子老、坂上刈田麻吕等人到长冈视察，同年被任命为长冈京的造宫使，实际是迁都的总负责人。
迁都之前的长冈与藤原种继母亲的娘家秦氏（自称是
秦始皇后裔，日本著名的渡来人一族）的根据地山背国葛野郡很接近，有地方支持的基础。秦足长、大秦宅守等秦氏一族由于造宫之功被叙爵。784年（延历3年），藤原种继的位阶升为正三位。
迁都后不久的785年11月3日（延历4年9月23日）夜里，藤原种继在监督营造宫殿时被箭矢射中，第二日去世。事件发生在桓武天皇离开
大和国之时。大伴竹良等人作为暗杀犯被逮捕，调查审讯之后，大伴继人、佐伯高成等十几人被捕缚着斩首。事件不久前的旧历8月28日去世的大伴家持被作为首谋者，从官籍中除名。因此事件被连坐而流放的有五百枝王、藤原雄依、纪白麻吕、大伴永主等多人。
其后，事件发展到桓武天皇的同母弟早良亲王的皇太子之位被废，在流放时忧愤而死。原本藤原种继就和早良亲王关系不和，究竟早良亲王实际上是否与暗杀事件有关，并不能确定。但是，大伴家持生前是春宫大夫，佐伯高成和其他被逮捕者中很多也是皇太子的家政机关春宫坊的官吏。其后又在很短的时间内从
长冈京迁都到
平安京，早良亲王化作怨灵作祟，据说是这一连串事件的原因之一。