薛宗正主要研究领域为隋唐时期西北边疆史、
民族史(突厥史、吐蕃史、回纥史)。在《
历史研究》、《
中国史研究》、《
民族研究》等权威刊物上,发表专业学术论文数十篇;出版个人专著4部:《突厥史》(
中国社会科学出版社1992年);《历代西陲边塞诗研究》(敦煌文艺出版社,1993年);《
安西与北庭》(
黑龙江教育出版社,1995年);《吐蕃王国的兴衰》(民族出版社,1997年)。
主编了《新疆古代史事记》,《
中国新疆古代社会生活史》(国家社会科学基金资助项目,魏晋南北朝至隋唐部分);并参加了《中国历史大辞典·民族史卷》、《中国历史大辞典·历史地理卷》、《
中国历史大辞典·隋唐五代史卷》、《丝绸之路文化大辞期》(任编委),《新疆历史词典》(任编委)等大型辞书中辞条的撰写工作。总计发表论著近200万字。