刘裕征讨
孙恩时，县里征召蒯恩到军中，充当担任杂役的士兵，让他运载
马刍。蒯恩常常背负一大捆马刍，是一般人的两倍之多，他每每将马刍丢在地上，感叹道：“大丈夫应该开挽三石弓箭杀敌，怎么能仅当一个马兵呢？”刘裕听说蒯恩的这些事，马上便给他武器铠甲，蒯恩高兴万分，跟随刘裕征讨孙恩，常常充当先锋，杀敌无数。蒯恩既熟悉战阵，又胆量才能过人，忠诚恭谨，未曾有过过失，很得刘裕的喜爱，在娄县战斗中，他的左眼（《南史》作右眼）被箭射伤。
蒯恩随同刘裕平定京城，以宁远将军的身份带一队人马。又随同振武将军
刘道规向西讨伐。俘虏桓仙客，攻克
偃月垒，于是平定江陵。
刘裕北伐南燕，蒯恩随同刘裕进攻广固，又有战功。
卢循进逼京城，蒯恩在查浦抵抗敌人，敌人退走。他又和
王仲德等追击，击败在南陵的卢循部将范崇民。卢循逃回广州，蒯恩又带一千人随同
刘藩追击在始兴的
徐道覆，并将他斩首。蒯恩升任龙骧将军、兰陵太守。
义熙八年（412年），刘裕西征
刘毅，蒯恩和
王镇恶率领轻装士兵袭击江陵，蒯恩率军从江陵城东门入，便北回击
射堂，前攻金城东门。最终刘毅兵败自杀，江陵平定。
义熙九年（413年），蒯恩在本官的基础上又兼任太尉长、行参军，带兵二千，随同益州刺史
朱龄石征讨割据蜀地、建立西蜀政权的
谯纵。义熙十年（414年），到达彭模时，蒯恩所带的部队冲在前面，和蜀军展开激烈的战斗，从早晨到傍晚，蒯恩更加勇猛。蜀军败逃，于是进军攻克西蜀都城成都，消灭西蜀政权。蒯恩因功被提拔为行参军，改封为北至县五等男。
刘裕征讨
司马休之和
鲁宗之时，蒯恩和建威将军
徐逵之先行。徐逵之败亡，蒯恩的部队在堤下布阵，鲁宗之的儿子
鲁轨利用胜利形势进攻蒯恩，飞箭乱射，仿佛雨点一般，呼声震动天地。蒯恩勉励将士，战阵更加坚固。鲁轨多次冲击，蒯恩都巍然不动。鲁轨觉得攻不下于是退兵。刘裕肯定了蒯恩带兵稳重的能力。江陵平定后，蒯恩再追击鲁轨到石头城。鲁轨弃城而逃，蒯恩追到襄阳，鲁宗之逃奔后秦，蒯恩和将领们追到
鲁阳关才回来。
蒯恩自随从刘裕征战以来，每次有危急时，都首先冲击，常常攻陷敌阵，打败敌人，不避险阻，大小一百多次战斗，他身上也多次受重伤。刘裕记下他的前后功劳，封他为新宁县男，食邑五百户。
刘裕的世子
刘义符当征虏将军，蒯恩以大府将佐兼任刘义符的中兵参军。随同本府转任中兵参军，刘裕北伐，留下蒯恩保护世子刘义符，让朝臣和他结交。蒯恩更加谦虚，与人谈话时总是以官职称呼别人，而却自称鄙人。他对待士兵们，很有纪律，部下都亲近拥护他。后升任谘议参军，改任辅国将军、淮陵太守。世子刘义符建立军府，他又任从事中郎，再改任司马，将军、太守照旧。
义熙十四年（418年），蒯恩到关中迎接桂阳公
刘义真。刘义真回到青泥，被胡夏军追击，蒯恩在后护卫，连日激战。刘义真的前军逃散，蒯恩的部队也大部分牺牲，他本人被胡夏军俘虏，后来在胡夏境内去世。
沈约《宋书》：“既习战阵，胆力过人，诚心忠谨，未尝有过失，甚见爱信。”
李延寿《南史》：①“刘怀肃、刘怀慎、刘粹、孙处、蒯恩、向靖、刘钟、虞丘进、孟怀玉、孟龙符、胡藩等，或阶缘恩旧，一其心力；或攀附风云，奋其鳞羽，咸能振拔尘滓，自致封侯。”；②“胆力过人，甚见爱信。”