落马洲河套区是香港邻近广东省深圳市边界的一个区域，位于皇岗与落马洲两个口岸之间，面积约99公顷，土地原来属于中华人民共和国广东省深圳市范围。

1990年代末，港深两地政府进行的深圳河治理工程竣工后，新旧河道在间形成一个曲流（又称河套或河曲）区域，拨归香港管理。虽然河套区已纳入香港之范围内，但属于哪一个行政区划则未有决定（落马洲河套区以南为元朗区，以东为北区）。

2007年，施政报告提及香港政府打算与深圳市政府共同开发该片土地，并列为香港十大建设计划之—。

1997年深圳河截弯取直的改造工程将这块原本突出、三面环水的河套区变成了一个四面环水的小岛，深圳河的新旧河道分别将其环抱。

由于港深之间的分界线以深圳河河道的中间线为界，经历了1997年对深圳河的改造工程之后，原先位于深圳河旧河道以北、属于深圳的落马洲河套地区成为了深圳河新河道以南、香港特别行政区边境管制区的一部分。

根据当时的决策，落马洲河套地区的归属权仍然属于广东省深圳市，但管制权则交给了香港特区，该地区于是成为了深圳的一块“飞地”。对于河套区的开发，早在1997年深圳河改造之时民间就有动议，但受制于当时港深之间合作机制的不成熟，深圳市有关方面对民间提出的开发建议作出了该地区属于香港特区方面的边境禁区，暂无开发计划的回应。

2007年12月，深圳市市长许宗衡率团访港，提议在CEPA的框架下实施新一轮的港深合作，得到了香港特区政府方面的热切回应，港深两地政府及有关部门签署了《关于近期开展重要基础设施合作项目协议书》。

香港多所大学院校已准备北上大展拳脚，2009年10月教育局副局长陈维安昨亦指，香港的大学在五年内在深圳独立办学机会微乎其微，但当局正研究大学在落马洲河套区发展的可行性。

香港疫情严峻，香港隔离及治疗设施严重不足，2022年2月23日最少有三万个确诊或初步确诊者正等候进入医院或隔离设施。行政长官林郑月娥公布增建隔离及治疗设施蓝图，预期未来数月可增加5.3万个隔离单位，包括在落马洲河套区等五幅用地，兴建至少2万个隔离单位；由中央协助在落马洲河套区筹建新的临时医院，料可提供约800张病床。