咸丰十年(1860)春,大战小池驿,收复太湖,萧孚泗功多,赐号勷勇巴图鲁。八月,收复
安庆,以
总兵记名。加
提督衔,授河南归德镇总兵。
同治元年(1862),曾国荃循江东下,萧孚泗为前锋,攻拔
西梁山,克太平、
芜湖,破金柱关、东梁山,进克
秣陵关、江心洲,乘胜进逼太平天国都城天京(今江苏
南京),以提督记名。萧孚泗击退
李秀成的援军,赐
黄马褂。
同治二年(1863),与总兵
李臣典袭破
雨花台石城,追至上方桥,斩敌数千,又破秣陵关贼卡,擢福建陆军提督。
同治三年(1864),克天保城,萧孚泗出钟山北,于
太平门筑三垒守之,断绝太平军粮道。六月,进占龙膊子山石城,萧孚泗与李臣典筑炮台山上,距城仅十馀丈,积沙草高与城齐,作伪攻状,潜於其下凿地道。贼宵攻毁炮台,副将
陈万胜战死,次日,会师逼城下,总兵
郭鹏程、王绍羲先后战死。及地道成,火发城圮,将士争登,贼掷火药抵拒,死仆相继。萧孚泗手刃退者数人,士气乃奋,尽从缺口入。李秀成匿民舍,萧孚泗索获之,并擒
洪仁达。论功,赐封一等男爵,赐双眼花翎。不久
丁父忧归。
赵尔巽等《
清史稿》:“洪秀全踞江宁十有馀年,曾国荃於苏、浙未定之先,孤军直捣,城大援众,事势綦难。及援贼既破,困兽之斗,人人致死,历两年之久,竟蒇大功。固由指挥素定,而在事(萧孚泗等)诸将,同心效力,奋不顾身,其勇毅之烈,纪太常而光紫阁,无愧色焉。”