菌落原位杂交是原位杂交技术的另一种形式。通常应用于确定带有重组分子的细菌菌落中与探针同源的外源DNA插入片段。细菌菌落首先从培养皿上转移到硝酸纤维膜上，经过细胞裂解，DNA释放、变性和固定后与探针杂交。另一相似的技术是噬菌斑原位杂交，不同的是印迹在硝酸纤维膜上的是噬菌体而不是菌落。这些技术专门用来从基因文库或cDNA文库中筛选与探针同源的重组子。

是将细菌从培养平板转移到硝酸纤维素滤膜上，然后将滤膜上的菌落裂菌以释出DNA。将DNA烘干固定于膜上与P32标记的探针杂交，放射自显影检测菌落杂交信号，并与平板上的菌落对位。

根据异源单链核酸分子间因结构互补发生共价键结合，能形成互补杂合双链，而进行分子遗传学研究的一种技术。双链核酸分子加热至80～100℃时，碱基对之间的氢键断开，形成两条单链，这一过程叫作核酸的变性作用或解链。变性的核酸分子慢慢冷却，互补的碱基对之间又会重新形成双链分子，这一过程叫作核酸的复性作用或退火。核酸分子在pH〉10和pH〈3的环境中也会变性，当条件适合时又可复性。核酸分子杂交技术是基于核酸变性与复性的原理。

利用核酸杂交技术进行定性或定量分析的最有效方法是将一种核酸单链用同位素或荧光物质标记，制成探针(见核酸分子探针)，再与另一种核酸单链杂交。

核酸分子杂交有液相和固相两种方法。液相法的核酸单链分子都在溶液中，通过分子运动进行杂交固相法是将一种核酸单链固定在不溶性的介质上。另一种核酸单链在溶液中与固定的核酸分子进行杂交。常用的固相介质有硝酸纤维膜、尼龙纤维膜、琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶等。