观世音菩萨，右侍为大势至菩萨。三圣都端坐于莲花座上，幢幡上绣满莲花，有的连殿中地上都雕刻着莲花图案。
药师殿是一座前三、后三、六耳的四合院殿宇。殿内有云南山茶花两株，相传为元代莲峰和尚手植。一株为“麻叶桃红”，另外一株为“松子鳞”。这两株云南山茶花，是昆明市园林局挂牌的古树名木。“麻叶桃红”于1983年枯死。晋宁人何作楫(字逖江)，曾咏《题盘龙山药师院双茶即赠臞仙、纪青昆玉》
七言律诗一首。
两面药师佛，头顶为青色宝髻，双耳垂肩，身穿华丽佛衣，跏趺安住莲花台上，面相慈善，仪态庄严。一面双手作法界定印，一面双手作施无畏手印，青色宝瓶放置其上，宝瓶中蓄满甘露。整座佛像以红色格调为主，配上花朵与祥云，金光闪闪，富贵华丽。日光菩萨、月光菩萨分侍左右，容光焕发，彩带飘地，体态轻盈。