药师佛塔位于南京市玄武区鸡鸣寺最高处，始建于梁大通元年（507年），复建于1988年，最终于1990年4月落成。

如今的药师佛塔是鸡鸣寺历史上的第五座佛塔。

南北朝齐、梁时高僧宝志禅师法函于山巅建五层宝塔。

南梁大通元年（507年），武帝萧衍建同泰寺，并建九层宝塔，崇丽一时。十几年后宝塔焚毁于雷火。本来计划重新建造十二层宝塔，南梁太清二年（548年）爆发侯景之乱而工程停止，后几经兴废。

明朝洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋命崇山侯李新督工，重建佛寺，御笔题名“鸡鸣寺”。这就是古鸡鸣寺的来历。

清朝咸丰三年（1853年），太平军进攻南京，“鸡鸣寺”毁于兵火，塔遂没于同治、光绪年间。复建鸡鸣寺后，因满清国力衰微未建宝塔。

1988年春，鸡鸣寺再次重建，南京市佛教界人士倡议兴建药师佛塔。天人护佑，十方共襄，药师佛塔最终于1990年4月落成。

1992年，药师佛塔在电视剧《新白娘子传奇》雷峰塔的情节中“扮演”西湖雷峰塔。

药师佛塔总高度44.8米，八面七级，斗拱重檐，内梯外廊。底层为副阶，副阶南面正门之上悬挂着蓝底金字的“药师佛塔”牌匾。底层南北各有壶门，其他各面辟有佛龛，龛内供奉石佛一尊。从南门进入宝塔，佛塔底层高7米，供奉着明代铜铸药师佛像。八方墙壁供奉着善男信女开光的佛像。沿逆时针向上的木梯可登塔顶。二层以上每层均置有四座明代金丝楠木雕花佛龛，每座佛龛内供有一尊楠木雕的药师佛像。每层东、南、西、北四方开有壶门，其余各面开有佛龛，龛内供奉石刻佛像。沿木梯登至塔顶，通过壶门，可至平座，在平座之上可观南京全景。可从这里看到小九华山上的三藏塔，和位于玄武湖中的诺那塔。宝塔木结构饰红漆，墙面饰黄漆，副阶腰檐覆灰瓦，挑角下有黄色铜铃。塔顶矗立着重5吨、高11米的青铜塔刹，在夕阳的照耀下，佛光溢射四方。药师佛塔院内全部采用青石磨光雕花工艺，青石铺设地面，环行碑廊记载着东方琉璃药师佛的故事。