荧光色素是色素的一种，例如某些种类的维生素（A,B2），生物色素，类脂质，弹力纤维等·自发荧光在显微镜下的显色效应和显像效应均很微弱，而且显像时间也短。

生物体中有些化学成分在短波谱线照射下自发地激发荧光，叫自发荧光(Primaryfluorescence)。例如某些种类的维生素(A,B2)，生物色素，类脂质，弹力纤维等.自发荧光在显微镜下的显色效应和显像效应均很微弱，而且显像时间也短。生物标本用荧光色素处理之后，在短波谱线照射下可以激发出辉煌的荧光，叫次发荧光，次发荧光的显色效应和显像效应极为强烈。因此它在荧光显微镜技术中占据最重要位置。现今的荧光显微镜技术中合成更有效的荧光色素，开发更具特异性的标记技术，荧光色素与激发光波长间的变量关系，荧光强度的定量测定以及染色体分染荧光扫描分类等等都是重大探索的方向。

荧光色素大体上可分三大类别。

1碱性荧光色素这类色素在酸性溶液中容易解离。其荧光组分带有阳电荷。因此也就是能和生物标本中的酸性集团进行离子结合。在碱性溶液中处于非解离状态.

2酸性荧光色素在碱性溶液中容易解离，其荧光组分带阴电荷.

3中性荧光色素弱酸性或弱碱性荧光色素为电中性色素.在荧光染色过程中其解离没有实际意义。这种色素多用于显示大分子结构。

使用荧光色素的领域特别广阔.例如在矿物学中鉴定矿物油的杂质，光学玻璃工业中鉴定石英砂的分级，水文地质学中鉴定水库渗漏，法医学中侦破血迹、精斑，机械工业中检查金属裂纹，古典艺术作品与赝品的鉴别，细菌学、病毒学、免疫学、肿瘤学、遗传学、纤维纺织工业以及其他各种专业都可应用荧光技术。