由于准备竞选云林县县长,因此2004年“立委”选举时,不登记代表民主进步党参选“
立法委员”。2005年,她成功突破国民党蓝绿对决的策略,成功选上县长一职。苏治芬乃该县有民选制度以来,自治史上第一位女县长。2008年11月4日,苏治芬因涉及发包废弃物案,被云林地检署拘提。2008年,苏治芬获民进党2009年云林县长选举提名。2008年11月14日,云林地检署侦结起诉苏治芬,并具体求刑十五年、褫夺公权八年,追缴其不法所得二千一百万元。当日晚间移审,经过法庭激烈的辩论攻防,迄当日深夜十二点,云林地方法院裁定苏治芬当庭无保释放,但被限制出境也限制住居。