苍南县博物馆隶属于苍南县文化广电新闻出版局，是苍南县的县级综合类博物馆，主要承担全县可移动文物收藏、保管、保护、陈列展览、研究及野外不可移动文物保护、管理、研究等职能。博物馆馆藏文物2000多件，其中珍贵文物129件，品类涉及陶、瓷、铜、金、玉、木、石及书画等，尤以南朝至宋瓷器数量居多，品相最佳。野外不可移动文物千余处，时间跨度从史前时期至近现代，其中国保4处，省保10处，县保54处，县文保点162处，省级历史文化名镇1处，传统村落3处。

苍南县博物馆前身是苍南县文化馆文物组，1989年12月单独建制为苍南县文物馆，2008年12月更名为苍南县博物馆至今。老馆址位于玉苍路2号，建筑面积800平方米，无对外陈列展览。新馆2011年开工建设，2015年1月26日试开馆。新馆位于县城新区湖滨路西侧，东邻县图书馆、西接县文化馆、南靠怡和家园、北衔萧江塘河景观带，总投资金额8000多万元，建筑面积11500平方米，地上四层为陈列展示厅、库房和办公区等，地下一层为停车场。陈列面积4017平方米，内设三个展厅，其中一楼为临时展厅，二、三楼为基本陈列厅，四楼为非物质文化遗产厅。

苍南县博物馆隶属于苍南县文化广电新闻出版局，是苍南县的县级综合类博物馆，主要承担全县可移动文物收藏、保管、保护、陈列展览、研究及野外不可移动文物保护、管理、研究等职能。博物馆馆藏文物2000多件，其中珍贵文物129件，品类涉及陶、瓷、铜、金、玉、木、石及书画等，尤以南朝至宋瓷器数量居多，品相最佳。野外不可移动文物千余处，时间跨度从史前时期至近现代，其中国保4处，省保10处，县保54处，县文保点162处，省级历史文化名镇1处，传统村落3处。

基本陈列厅以苍南历史文物为主要展出内容，配合爱国主义教育，从自然、遗存、文化、抗争及经济等五个部分讲述苍南县从瓯越古邑到今日苍南的千年发展历程。

自然篇--数亿年的山海变迁，形成了苍南山地、丘陵、盆地、平原并存的内陆地形和海湾、滩涂、岛屿共有的海岸地貌。西南群山连绵，莽莽苍苍，“流来三十六高源，汇作狂澜入海翻”；东北鳌江口岸，鳌水泱泱孕沃野，东海退去浮平原，逐渐形成适合人类繁衍生息的早期环境。自然的慷慨馈赠，赐予苍南丰饶的物产资源，使苍南大地尽享矿藏、渔盐之利

遗存篇--特殊的地理位置，千年文化滥觞在玉苍山之南留下了数量众多、类型多样、风格独具的苍南祖先生存与生活的印迹。新馆陈列将隐蔽于山野、乡镇间诸多遗存分为生活遗址、墓葬、古建筑三类予以介绍，于时间长河中细数苍南人生活之故事旧景。

文化篇--地处闽北浙南，东面隔海望台的苍南，历经数次移民迁徙，多种方言交汇生成，多方文化相融相生。佛教、道教在苍南均有千年历史，神秘的明教亦在此留有遗踪。苍南文教兴盛，历代县学书院育人无数，各界名士乡贤辈出。

抗争篇--苍南东与东南濒临东海，西南群峰叠嶂，与闽交界，历史上具有重要的军事地位。五代时吴越据分水关拒闽兵；明清时期，因沿海倭寇扰袭，苍南成为抗击倭寇的海防重镇。革命时期，反帝反封建、抗日解放，尽显苍南人民顽强抗争之品质。除战乱之人祸外，潮患、台风等天灾也频频侵扰这方水土，苍南人不畏险难、勇于拼搏，拒人祸，抗天灾。

经济篇--历史时期，苍南瓷窑、矿场、盐场、船场兴盛，随商贾往来，百工兴，商贸隆，大量贸易集市、商贸港口出现；革命时期，苍南志士大力发展实业救国，经济在战乱中得以复苏；建国后，苍南民众响应社会主义改造与生产合作号召，推动工农业、手工业发展；改革开放的春风，更是带来了苍南新时代经济腾飞。

苍南县博物馆现有在职人员14名，与县文物保护管理所合署办公，二块牌子，一套人马。蒋久寿任馆长，林尚凯任副馆长，韩当权任馆长助理，下设办公室、馆藏研究部、文物保护部、陈列宣教部、安全保卫部。苍南县委县政府严格贯彻落实文物保护“五纳入”，该馆坚持“保护为主，抢救第一，合理利用，加强管理”的文物工作方针，确保文物安全，狠抓文物行政执法、田野考古调查、举办图片临展、扶持民办博物馆发展、文物维修保护与合理利用六个基本环节，对促进苍南县精神文明建设、县域经济发展做出了一定贡献。2010年、2011年、2012年该馆先后荣获浙江省第三次全国文物普查实地调查阶段先进集体、温州市第三次全国文物普查先进集体、浙江省第三次全国文物普查先进集体称号。2013年被评为“温州市文化广电新闻出版系统先进集体”。2015年荣获“苍南县2011——2013年度模范集体”称号。

2022年6月，入选浙江省博物馆（纪念馆）名录（2021年）。

2024年8月，被认定为国家二级博物馆。