良牧署于永乐年间建，至清朝仍沿袭旧制，至康熙三十年（1691年）还保留其建置，前后经营近300年，其领地遍于顺义西北部广大地域，又不属地方政府管辖。

衙门村西北广大地域为良牧署种粮养畜之地，衙门村邻近的马坡、北上坡等村，当年草木茂盛，曾是牧马的场所。马卷、荆卷等村原为圈马之地，如马卷原为马圈，后逐渐成村，谐音今名。官志卷为养猪羊之地，志书有记载。顺义西北又有“忻州营”、“稷山营”、“绛州营”、“红铜营”等许多带有山西地域色彩的村庄。明初，为发展生产，明朝政府曾组织了几次大规模的移民。顺义西北这些村落当为明初移民，专为良牧署耕种土地，生产粮食。经长期开发，域内人民繁衍生息，村落遍布，形成日后的格局。

据《明史》载：良牧署隶属上林苑监。职掌监督指挥领地内的“养户”，耕种粮食，饲养马牛猪羊等牲畜，供宫廷祭祀飨宴之用。良牧署四周筑有城墙，有东西南北四座城门，城内建有大堂二堂后堂，设施齐全。

衙门村旧有一良牧署碑，此碑为嘉靖三十二年（1553年）前后立，由翰林李蒙撰记，大意为：此地远接居庸，邻近京都，为边境告急必经之所。以往因北方掠犯边庭，郡县官吏人民多受其杀伤抢掠之苦。所幸皇天威震，夺虏之魂。但居安思危，虑患预防，命署丞修筑堡垣，建厅舍，使官民有所倚托而绝忧患。由此可见，良牧署除有管理辖民耕种养殖的作用，并且还有抵御外敌的作用。明万历年间，因此地设良牧署，又是旧县衙所在地，故称“衙门村”。