根据浙江海事局《关于建立舟山海事局筹备组及其人员组成的通知》（浙海事字[2001]1号），于2001年1月4日，舟山海事局开始筹建，于2001年2月8日正式授牌成立，2001年4月1日正式对外全面履行水上安全监督管理职责。

2001年5月9日，浙海人教[2001]88号《关于同意设立舟山海事局船舶安全检查站的批复》设立了舟山海事局船舶安全检查站。

2001年5月9日，浙海人教[2001]89号《关于同意设立舟山海事局办证中心的批复》设立了办证中心。

2001年7月4日，浙江海事局浙海人教[2001]161号《关于舟山海事局派出机构置的通知》同意设置：

中华人民共和国舟山沈家门海事处

中华人民共和国舟山普陀山海事处

中华人民共和国舟山定海海事处

中华人民共和国舟山岙山海事处

2001年8月1日，浙江海事局浙海人教[2001]196号《关于舟山海事局派出机构设置办事处的批复》同意我局所属6个派出机构共设置17个办事处：

沈家门海事处设置4个办事处：六横办事处、桃花办事处、虾峙办事处、半升洞办事处。

岱山海事处设置3个办事处：长涂办事处、衢山办事处、南峰办事处。

嵊泗海事处设置3个办事处：马迹山办事处、洋山办事处、绿华山办事处。

定海海事处设置5个办事处：金塘办事处、鸭蛋山办事处、老塘山办事处、西码头办事处、册子办事处。

岙山海事处设置1个办事处：西蟹峙办事处。

普陀山海事处设置1个办事处：朱家尖办事处。

2003年11月，人事制度改革后报请上级海事部门同意保留六横办事处、桃花办事处、金塘办事处、衢山办事处等四个办事处。

2005年12月14日，舟山海事局根据浙江海事局《关于舟山海事局内设机构改革实施方案的批复》一文，批准文号：浙海人教[2005]333号。

局机关机构设置进行了重新调整，分别是：综合办公室、组织人事处、计划财会处、海事业务管理处（安检站）、执法督察处、政务中心，并按照分工各自履行不同的职能。

2008年，舟山海事局内设指挥中心（舟山船舶交通管理站）、监管一处（船舶安全检查站）、监管二处、督察处、办公室、党群工作部、财务处等7个处（室）及政务中心、船员考试中心2个直属单位，下设定海、沈家门、岱山、嵊泗、普陀山、岙山6个海事处和局执法支队，以及六横、桃花、金塘、衢山4个办事处。全局现有在职人员225名。

2009年，舟山海事局在原执法支队的基础上筹建马岙海事处，在原六横办事处的基础上筹建六横海事处。

舟山群岛由1390个岛屿组成，是我国最大的群岛。总面积为2.22万平方公里，其中陆地面积1440平方公里，人口100余万人。舟山海事局辖区北自马鞍群岛，南至梅散列岛，东起海礁，西迄王盘洋水域；辖区岸线总长2363.15公里，海域面积2.08万平方公里。

根据交通部海事局海人教[2001]562号《关于印发交通部直属海事系统各级海事机构主要职责分工暂行规定（业务部分）的通知》，舟山海事局主要职责有以下十八条：

（一）负责辖区水上安全监督管理，防止船舶污染，航海保障工作；按照统一要求，负责辖区内执法工作的监督检查。

（二）协调、划定、审核或审批辖区内水域港内非涉外锚地、临时锚地、安全作业区、船舶调头区、水产养殖区、挖沙区、禁航区、引航员登（离）船点，以及水上游览、水上体育竞技活动区域。

（三）审核辖区内与通航安全有关的港区岸线使用和辖区内水上水下施工项目通航安全事宜；审批有关施工船舶。

（四）负责辖区内水上巡航工作；管理辖区内交通管理系统；对辖区内引航工作监督管理。

（五）审批辖区内大型设施和移动式平台海上拖带、沉船沉物打捞和碍航物清除，以及航行通告和航行警告的发布工作。

（六）负责权限范围内海船船员丙、丁类适任证书的考试、发证和跟踪管理工作；船员的专业和特殊培训的考试；负责三级引航员的考试、发证。

（七）负责辖区内航运公司的船员注册和船员服务簿的签发、审核和签注工作。

（八）负责辖区内航运公司所属或所经营的非国际航行船舶登记工作，以及所登记的非国际航行船舶的管理和危管防污方面的法定证书、操作性手册和文书的签发和审批；受理辖区内航运公司所属或所经营国际航行船舶的登记申请，并进行初审。

（九）审批国际航行船舶进出辖区港口、港外装卸作业点。

（十）实施辖区外国籍船舶港口国监督检查和中国籍船舶安全检查，以及船舶防污染设备和证书、文书的检查。

（十一）调查处理辖区内非涉外、一次死亡3人及以上水上交通事故，以及辖区内一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故的结案审批。

（十二）办理辖区内外国籍船舶的海事签证。

（十三）审批辖区码头、装卸站点溢油应急计划，组织和协调辖区内溢油（污染危害性物质）1吨及以上、10吨以下的船舶污染事故的应急反应和调查处理。

（十四）负责辖区内港区水域污染监视及船舶拆解的防污染监督工作。

（十五）审核辖区内排污口设置和海洋工程、海岸工程环境影响报告书。

（十六）审批辖区内从事危险货物装卸作业的码头和液货舱清洗队伍、船舶污染物接收处理单位的资格，审批和监督一般液货船过驳作业。

（十七）参与辖区内非干线航道助航标志配布的审核。

（十八）作为海上搜救分中心办公室，协助省级搜救中心组织、协调责任区内的搜救行动，处理海上搜救分中心的日常业务。

指挥中心（舟山船舶交通管理站）

主要负责掌握辖区动态海事监管信息，具体负责实施辖区水上交通管理和组织、相关航行安全保障工作协调、航行通（警）告管理、水上交通安全动态信息处理、VTS和CCTV监控值班、季节性水上安全工作；履行海上搜救中心办公室的职责，承担日常值班和应急反应（包括油类及化学品污染应急反应）的现场指挥和现场支持等任务。

下设舟山船舶交通管理站，负责收集、评估、处理有关水上交通安全信息，提供有关信息服务；组织实施船舶交通、监视VTS区域内船舶、设施，维护水上交通秩序，管控特殊水域，纠正、处理现场交通违法行为，并为船舶、设施提供航行协助服务；负责操作、使用、管理、维修、保养VTS站所属的各类设备，保障其正常运转。

监管一处（船舶安全检查站）

监管一处（船舶安全检查站）是局研究辖区海事监管特点，贯彻落实海事法规、政策的专业管理部门，为海事执法事务综合协调部门。负责对各项海事业务进行专业研究和管理，并对基层海事处业务工作进行指导，具体承担船舶监督管理、通航管理业务、水工工程通航安全审核和评估、航运公司安全管理体系审核事务等海事业务的专业管理职能和承办相关口岸管理工作。负责辖区船舶技术状况的统计、分析与评估工作。

下设船舶安检站，主要负责组织开展辖区内船舶安全检查；负责对海事处船舶安全检查业务的指导、考核、监督及安检员队伍的管理工作。

监管二处

负责对危防海事业务进行专业研究和管理，并对基层海事处业务工作进行指导，具体承担危险品和防污染管理工作。

督察处

主要负责对局业务处室、直属单位及海事处的各项海事执法工作实施执法监督，海事业务规范性文件审核管理，执法行为和行政处罚的合法性审查，海事行政救济，执法规范化管理等工作，海事业务综合评价，海事科研项目管理，执法人员资格管理等工作；负责水上交通事故调查处理工作。

政务中心

为局直属单位，主要负责局层面的各类行政许可和报备事项申请的受理；经授权，负责行政许可事项审批和证书、证件的制作，对超越政务中心授权审批权限的申请材料的齐备性进行审查，并对受理后审批（审核）事项各环节的全程催办；负责各类行政许可审批结果的送达；提供海事监管业务的宣传和咨询服务等工作。

船员考试中心

负责对船员管理业务进行专业研究和管理，具体承担船员管理业务，并负责职责范围内船员考试、评估的组织和落实，建立、维护和完善船员适任考试、专业和特殊培训证书考试题库，负责相关船员培训机构的管理和培训管理。

海事处

一、负责辖区水域内禁航区、航道、交通管制区、锚地、安全作业区、施工作业区等区域

的现场安全监督和秩序管理。

二、维护辖区水域内水上游览区、水上体育竞技活动区的现场通航秩序。

三、监督辖区内引航工作。

四、监督检查辖区码头、泊位安全状况，监督辖区锚地、航道、调头区、泊位水深情况。

五、应急处理辖区水域内有碍通航秩序、影响通航环境的异常情况。

六、现场监督检查辖区内船舶的船员配备、持证、适任、值班等情况。

七、负责辖区内的国际航行船舶进出口查验和国内航行船舶进出港签证。

八、负责辖区内国内航行船舶的安全检查，以及船舶防污染设备和证书、文书的检查。

九、现场监督检查辖区内船舶、设施的航行、停泊和作业情况，处理辖区内船舶、设施的违法行为。

十、审批和现场监督辖区内船舶明火作业、熏蒸作业等需经批准后方可进行的作业。

十一、调查处理辖区内非涉外、一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故；配合辖区内所有水上交通事故的现场初步调查和取证工作。

十二、负责辖区内中国籍船舶的海事签证。

十三、负责辖区内船舶载运危险货物的申报审批及现场监督。

十四、审批辖区内船舶排放洗、压舱水和舱底水；负责辖区内船舶拆解的防污染的现场监督管理和船舶污油水、残油及生活垃圾等接受工作的监督管理。

十五、负责辖区内港区、码头和船舶溢油应急计划的监督实施及港区水域污染监视，应急处理船舶污染事故；调查处理溢油（污染危害性物质）低于1吨的小规模船舶污染事故。

十六、承担有关法律法规规定的和上级下达的其他工作。

2022年4月，舟山海事局“舟盾”船舶安检工作室被表彰为“直属海事系统先进青年集体”。