致病微生物是能够引起人类、动物和植物生病的病害，具有致病性的微生物。微生物是指那些个体体积直径一般小于1mm的生物群体，它们结构简单，大多是单细胞，还有些甚至连细胞结构也没有。需要说明的是微生物是一个比较笼统的概念，界线有时会非常模糊。
按我国学者提出的分类法将生物分成六界：病毒界、
原核生物界、
原生生物界、真菌界、植物界和动物界。不难看出微生物在六界中占了四界，因此微生物在自然界中的重要地位是显而易见的，其研究的对象也是十分广泛而丰富的。
微生物(Microorganism)是广泛存在于自然界中的一群肉眼看不见，必须借助
光学显微镜或
电子显微镜放大数百倍、数千倍甚至数万倍才能观察到的
微小生物的总称。它们具有体形微小、结构简单、繁殖迅速、容易变异及适应环境能力强等优点。
一、
真核细胞型微生物 细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体；胞质内有完整的细胞器（如内质网、核糖体及线粒体等）。真菌属于此类型微生物。
二、
原核细胞型微生物 细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁；细胞器不很完善。这类微生物种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、
立克次体、衣原体和放线菌。
三、
非细胞型微生物 没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖。病毒属于此类型微生物。
致病微生物是指能引起动物植物的某些疾病的微生物，占少类，比如流感病毒可以起人类、禽类的流感。另外有的一部分是
条件致病菌。
致病性微生物引起的食源性疾病是全世界头号食品安全问题，当然也排在中国食品安全的第一号。为什么这么说？大家回顾一下上世纪80年代上海因为生吃毛蚶引起30万人甲肝流行，这还是世界记录，国际很多参考教科书都引用了上海甲肝爆发事件。尽管甲肝不容易死人，但30万人致病怎么不是头号食品安全问题呢？食品安全问题的定义“有毒有害物质”“引起危害”都有了。我们还有
大肠杆菌，O157：H7，2001年江苏安徽等发生2万人中毒，177人死亡，卫生部没有接到报道。
沙门氏菌每年都会引起的数以百人的中毒事件爆发。
食品生产是一个时间长，环节多的复杂过程。在整个过程中存在着许许多多被
致病性微生物污染的可能性。作为原料来源的活体就可能带有致病性微生物；在加工过程中原料之间的交叉污染；加工者携带的致病性微生物也可能进入食品；在销售中会通过器具和其它途径污染致病性微生物。总之，与食品有直接和间接关系的致病性微生物都可能污染食品。这是一个复杂的致病性微生物群体，在实际工作中要对它们逐一检查是很难做到的，在很大程度上也是徒劳的。有检验意义的是能引起人类疾病和
食物中毒的致病性微生物，常见的有：沙门氏菌、
葡萄球菌、链球菌、
副溶血性弧菌、
变形杆菌、志贺氏菌、
禽流感病毒、黄曲霉菌及病毒、
口蹄疫病毒等。