自然资源许可制度，又称自然资源许可证制度，它是指在从事开发利用自然资源的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后，方可进行该活动的一整套管理措施。它是自然资源行政许可的法律化，是自然资源保护管理机关进行自然资源保护监督管理的重要手段。

采用自然资源许可制度，可以把各种自然资源开发利用的活动纳入国家统一管理的轨道，并将其严格控制在国家规定的范围内。它有利于对开发利用自然资源的各种活动进行事先审查和控制，对不符合自然资源可持续发展的活动不予批准。同时它还有利于根据客观情况的变化和需要，对持证人规定限制条件和特殊要求，便于发证机关对持证人实行有效的监督和管理。

自然资源许可证，从其性质看，可分为三大类：一是资源开发许可证。例如，林木采伐许可证、采矿许可证、捕捞许可证、采集证等；二是资源利用许可证。例如，土地使用证、草原使用证、养殖使用证等；三是资源进出口许可证。例如，野生动植物进出口许可证等。从表现形式看，有的叫许可证，有的叫证书或证明书等。

我国在自然资源保护管理中普遍实行了许可制度。在土地资源方面，有“土地使用权证”；在草原资源方面，有“草原使用权证”；在森林资源方面，有林木采伐许可证、木材运输证件；在矿产资源方面，有采矿许可证、勘查许可证；在渔业资源方面，有养殖使用证、捕捞许可证；在野生动物资源方面，有特许猎捕证、狩猎证、驯养繁殖许可证、允许进出口证明书；在水资源方面，有取水许可证等等。