内鼻孔亚纲是脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲的亚纲，拉丁学名为Sarcopterygii。

本亚纲鱼类的口腔内具有内鼻孔；有原鳍型的偶鳍，即偶鳍有发达的肉质的基部，鳍内有分节的基鳍骨支持，外被鳞片，成肉质状或鞭状，故又称肉鳍亚纲。肠内有螺旋瓣。

主要总目：共有2总目。

1.总鳍总目

这是一类出现于泥盆纪的古鱼，也是当时数量最大的硬骨鱼类。具有中轴骨骼是一条纵行的脊索而不存在椎体、下有一块喉板、肠内有螺旋瓣等一系列原始特征。早期的总鳍鱼类都栖居于淡水中，有鳃、鳔和内鼻孔，能在气候干燥和水域中周期性缺氧期间用鳔呼吸空气。同时凭借肌肉发达的肉叶状偶鳍支撑鱼体爬行。主要代表动物为矛尾鱼（Latimeria chalumnae）。

长期以来，总鳍鱼类一直被认为已于中生代末期的白垩几时完全绝灭，但1938年12月22日却在非洲东南沿海哈隆河河口水深70米首次捕获一尾体长1.8米95千克的总鳍鱼，并依据其尾形定命为矛尾鱼（Latimeria chalumnae），该标本被保存于东伦敦博物馆内。以后又在科摩罗斯兰联邦共和国科摩罗群岛附近的海域中陆续捕得150~200尾矛尾鱼。这是总鳍鱼的孑遗已成为动物界最珍贵的活化石之一。

矛尾鱼全长1——2米，重13——80千 克。体被平列的圆鳞而带金属蓝色；肉叶状偶鳍的表面覆有鳞片，主要鳍骨与陆生脊椎动物的肢骨极为相似；尾鳍成特殊的三叶式矛头形。 生活在水深50——550米的海洋中游泳迅捷；齿呈颗粒状，在口缘形成齿板，肉食性；卵胎生。由于矛尾鱼类在适应海洋生活的进化过程中，摒弃了他们远祖用鳔呼吸的习性，所以鳔已变成充有结缔组织和脂肪的两个囊状结构，内鼻孔也随之发生次生性外移而在口腔中消失。

2.肺鱼总目

在非洲、美洲和澳大利亚的江河里，生长着一种介于鱼类和两栖类之间的珍奇动物，它叫肺鱼。肺鱼出现于四亿年前的泥盆纪时期，它身上披着瓦状的鳞，背鳍、臀鳍和尾鳍都连在一起，并有构造最古老的“原鳍”，所谓原鳍与正常鱼鳍不同之处是一个肉柄状的东西。肺鱼的鳔的构造很象肺，可以进行气体交换，所以有人将肺鱼的鳔称为“原始肺”，肺鱼的名字也是由此而来的。肺鱼还有内鼻孔，它在水中用鳃呼吸，当河水干涸时，它们能钻进泥土里，用“肺”和内鼻孔呼吸。科学家们认为肺鱼是自然界中最先尝试的由水中转向陆地的动物。