成化二十二年(1486),代尹旻为吏部尚书。
大学士万安与耿裕不合,而
李孜省勾结其同乡
李裕,欲使李裕代替耿裕,相谋中伤之。坐以事,调吏部侍郎
黎淳于
南京,而夺耿裕俸。
言官再次交相弹劾耿裕,明宪宗宥免之。耿裕
入谢,等到耿裕出去后,明宪宗大怒曰:“吾再宽裕罪,当再谢。今一谢,以夺俸故,意
鞅鞅耶?”李孜省等因而倾之,遂调南京
礼部尚书,而以李裕代任。
弘治元年(1488),召拜
礼部尚书。此时公私
侈靡,耗费日广。耿裕随事
救正,借着
灾异条上时事及申理言官,先后陈言甚众,大要归于节俭。给事中
郑宗仁疏节
光禄寺供应,耿裕等请纳其奏。巡视光禄御史以供费不足累行户,请借
太仓银偿之。耿裕等言,疑有
侵盗弊,请敕
所司禁防,明孝宗皆从之。南京
守备太监请增
奉先殿日供品物,耿裕等认为不可。明孝宗刚刚即位,斥番僧还本土,止留乳奴班丹等十五人。其后多潜匿京师,转相
招引,
斋醮复兴。言官以为言,耿裕等因力请驱斥。明孝宗乃留百八十二人,余悉逐之。礼部
公廨起火,耿裕及侍郎
倪岳、
周经等请罪,被劾下狱。已,释之,停其俸。
起初,
撒马儿罕及
土鲁番皆进贡
狮子,甘肃镇守太监傅德先图形以进,
巡按御史陈瑶请却之。耿裕等乞从陈瑶请,而治傅德违诏罪,明孝宗不从。后番使再至,留京师,频有宣召。耿裕等言:“番人不道,因朝贡许其自新。彼复潜称
可汗,兴兵犯顺。陛下优假其使,适遇倔强之时,彼将谓天朝畏之,益长桀骜。且狮子野兽,无足珍异。”明孝宗即遣其使还。
弘治六年(1493),代
王恕为吏部尚书。次年,加
太子太保,累阶至
荣禄大夫。
御用监匠人李纶等以
内降得官,耿裕言:“先有诏,文官不由臣部推举传乞除授者,参送法司按治。今除用李纶等,不信前诏,不可。”给事中
吕献等皆论奏,耿裕亦再疏争,终不听。
耿裕的弟弟耿伟任
都督府都事,
秩满应当升迁。耿裕故意缓之,说:“吾家当如是”。耿裕的无私可见一斑。