1480年5月23日，梅希德帕夏率领一支土耳其大军和一支拥有160艘战船的舰队包围了罗得岛(希腊佐泽卡尼索斯群岛中最大的岛屿，位于爱琴海最东部)。由于骑士团坚持抗击，土军久攻不克，在第二次攻岛失利后，于8月20日撤围。围攻期间土军死伤1.05万人（一说2.4万人）。

在1453年征服了君士坦丁堡之后，奥斯曼帝国的战争机器依旧在隆隆的运作着。在取得了东罗马帝国的首都后，苏丹的壮志雄心已经转向了西方的罗马。但是在此之前，他需要解决掉横在小亚细亚半岛和亚平宁半岛之间的一系列阻碍，其中最大的阻碍是横跨爱琴海的威尼斯共和国和以十二群岛为中心活动的医院骑士团。

威尼斯共和国的领土是由一系列的海岛、港口、要塞和贸易据点组成的，而且远离奥斯曼帝国的本土；而且作为商业城邦，威尼斯人唯利是图，毫不在意于异教徒进行贸易，所以这些人是可以收买的。但是相比之下。医院骑士团在十字军东征期间就已经大名鼎鼎，是阿拉伯和奥斯曼人眼中的基督教毒蛇，其宗教修道会的性质很难让它与不同信仰的奥斯曼帝国保持长久的和平。在盘踞罗德岛期间，骑士团往往以这个岛屿做为基地，派出舰队袭击奥斯曼帝国的海岸，劫掠奥斯曼帝国的商船，令奥斯曼帝国前往麦加的朝圣者叫苦不迭，蒙受商业与人员上的损失。大名鼎鼎的征服者穆罕默德二世不能对这个小岛坐视不管，放任自流，但是在1453年之后，他的身体状态也开始逐渐下滑，上天留给这位霸主的时间已经不多了。在他的生命可能终结之前，他必须为奥斯曼帝国进一步西征罗马扫清障碍。

在造船厂内的船台上，船体从龙骨开始逐渐成型，木匠们在安装甲板、桅杆，并设置桨位，锁具工人在装备船帆，战役准备的后勤工作涉及奥斯曼帝国各地。在铸造工厂和铁匠铺，铁匠们在铸造或者锻造武器炮弹刀剑铠甲和报价。面包师们在生产面包和航海饼干，帝国的征兵官员在各个行省执行征兵的命令，不久，大批战斗人员将抵达伊斯坦布尔和加里波利。有经验的水手从巴尔干和小亚细亚沿岸赶来。地中海地区最适合航行的是夏季和秋季，如果错过了这两个季节，地中海将变得多风多雨。非常不利于行动。所以，奥斯曼帝国的进军和航海是有规律可循的，容易被侦查到。

为了离间海岛上的希腊居民和骑士团的关系，穆罕默德二世特别指派具有东罗马皇族血统的梅希-帕列奥罗格思帕夏，以达成分化守军力量的目的，可谓别有用心。为了试探骑士团的火力，奥斯曼大军选择在1479年的冬季袭扰骑士团所驻扎的十二群岛地区。

1479年到1480年的冬天，奥斯曼大军都在为攻取罗德岛的骑士团据点而收集粮草辎重、筹集人力物力。虽然穆罕默德对骑士团放出了自己的虚假死讯，但是骑士团的各种情报明白无误地显示：敌人的兵锋正直指罗德岛的骑士团堡垒。面对巨大的压力，骑士团长皮埃尔-德-欧比松开始有条不紊地组织防守。居民们被要求前往堡垒和要塞内避难或者劳动，此外，城堡的军需库内藏满了各种橄榄油、奶酪、咸肉、干面包等军粮，足够守军支撑2年。

1480年5月，奥斯曼海军在君士坦丁堡完成了集结之后出现于罗德岛的外海海面，浩浩荡荡。根据史书记载，此战中奥斯曼军队共有以3000苏丹新军为核心的7万大军，来自亚非欧三洲各地。相比之下，骑士团本部只有600余名骑士和其他的2000-4000名雇佣军人。

但是，皮埃尔在书信里坚定地写道：罗德岛拥有坚固的城堡和护城河与高塔，我们不惧怕任何敌人的入侵。由于奥斯曼人装备了当时由匈牙利工程师乔治设计的新式火炮。所以根据这一情报，骑士团大团长下令对罗德岛防御系统进行改造升级，这让骑士团上下对于战争可能发生的结果充满了积极的信心。由于奥斯曼帝国的舰队过于庞大，医院骑士团海军的几艘战舰无力在海面正面拦截，所以只能放任敌军在当晚登陆，并在圣司提反山附近设下军营，此处地势较高，可以俯瞰整个罗德城的城防。为了防止骑士团守军出城侦查自己的虚实，奥斯曼军队在一片靠海的山地背面卸载工程大炮和其他器械，这样一来守军便无法一探究竟。

由于兵力不足，加之夜幕降临，敌情不明，皮埃尔决定按兵不动，发觉在未受到抵抗之后，奥斯曼人认为这是骑士团示弱的表现，当天夜间，一群奥斯曼士兵头戴白羽毛来到城墙外高声劝降，但是迎接他们的是一阵枪林弹雨和精确射击，一些骑士甚至主动出战，砍下了好几个奥斯曼人的头颅，但是梅希帕夏并未死心，稍后他又派了第二群劝降者，医院骑士团用第二次出击作为答复。5月29日清晨，奥斯曼人的围攻正式拉开了序幕，他们在圣尼古拉斯堡对面的圣安东尼教堂中架设了炮兵阵地，其中还布置了三门巨型攻城火炮，守军看得触目惊心。在激烈的炮击中奥斯曼人一共摧毁了九座塔楼和城中的一条道路，并且击伤了大团长的宫殿。这些巨石炮弹十分夸张，有9-11个手掌的长度，但所幸的是，奥斯曼人的炮击并没有动摇骑士团的斗志。

但是在攻城战的第二天，奥斯曼帝国的匈牙利裔火炮大师、为攻克君士坦丁堡立功的乔治，竟然孤身一人出现于罗德岛大团长宫殿一侧的护城河外，表达了弃暗投明的意思，医院骑士团久仰大名不敢怠慢，于是立即将他带到了大团长皮埃尔面前。在开战之初，就有对方的大人物前来投奔，这无疑鼓舞了守军的士气。根据记载，乔治身材高大仪表堂堂谈吐不凡，显示出与他地位相符的睿智和威严。他对奥斯曼人的军事部署尤其是炮兵的情况知根知底，于是被骑士团当成了重要的军事顾问。不过由于乔治与家人定居君士坦丁堡多年而且受到苏丹的礼遇和重用，他的突然来投奔令人十分怀疑。

当骑士团询问他此番义举的动机时，乔治回答说这完全是出于一名基督徒的宗教情怀和对医院骑士团奋勇抗敌的钦佩，并对早年为穆罕默德二世建造火炮攻打君士坦丁堡充满了悔恨。

但是，乔治接下来的行为令守军感到疑惑和警惕。当大团长皮埃尔问到奥斯曼人的军力和武器装备时，乔治大夸海口，口若悬河，声称奥斯曼军队人数达17万，此外还装备了16门重型火炮，六门巨型臼炮以及无数轻型火炮，他还特别强调，奥斯曼人携带了8000根木桩，如果医院骑士团拒绝投降城破之后，这样将全军处以穿刺刑。这样的回答不免有扰乱军心的嫌疑。

所以在关键时刻，骑士团内部分为两派，一派认为乔治是来弃暗投明的义士，但是另外一派认为乔治是一个扰乱军心的间谍。考虑到乔治还有利用的价值，于是大团长皮埃尔-德-欧比松让六名医院骑士如影随形的保护他在城中活动，以免四人勾结外敌，刺探军情。

在围攻战正式开始后，在城市以北的海角上的圣尼古拉斯堡垒，为了奥斯曼人打击的重点。他通过一座大堤与罗得堡主城相连。因此，如果要完全封锁罗德岛的海港，就不能不先夺取该战略要地，在梅西帕夏看来，如果基督徒始终在罗德港畅通无阻，那么基督徒的补给和援军随时可能来临，对罗德岛的围攻就会陷入漫长的持久战。在距离圣尼古拉斯堡垒仅230米的圣安东尼教堂，炮兵阵地很快就开始传出阵阵的呼声。奥斯曼人对圣尼古拉斯堡的炮击持续了整整15天，城堡一共中弹超过300发，伤痕累累，但是在设计之初，由于它充分的考虑了火炮的打击，所以守军尚能苦苦支撑。再加上受制于15世纪末期重型火炮的技术限制。重型火炮不能在短时间内持续发炮，否则火炮有炸膛的危险。因此，奥斯曼人的巨型大炮一天只能发射14发炮弹，这给了守军以充分的整修城墙的机会。

虽然圣尼古拉斯堡垒面对大海的一面，被奥斯曼的大炮几乎摧毁，但是堡垒的另一半完好无损，守军在年轻的意大利骑士奥尔-卡勒托的指挥下，士气高昂，并未放弃阵地。

眼见圣尼古拉斯堡垒受损，骑士们建议撤出部队已保存有生力量，但是大团长皮埃尔深知该堡垒的战略价值，他下令卡勒托继续坚守，与阵地共存亡，与此同时，大团长也明白城堡已经是千疮百孔，为此，他紧急动员了上千名希腊民工夜以继日地在敌人火炮威胁下加固城堡，他们额外构建壕沟，同时以木桶、石块，土块、毛毯搭建临时工，是吸收火炮炮弹对于城墙的巨大冲击力。骑士团长为了稳定军心，于是给，圣尼古拉斯城堡派出了精选的部队和大量弹药补给。此外，他还派出了一队装满易燃物的小船驻守在城堡附近，如果奥斯曼人敢于贸然发动进攻，就以火攻船轰击对手，最终稳住了守军。眼看到炮击并没有取得作用，奥斯曼步兵的攻击终于开始了，6月9日，黎明前两小时左右，大量小艇满载着奥斯曼人从圣安东尼教堂一带的斜斜地涌向圣尼古拉斯堡，其实在动手之前，梅西帕夏曾要求守军投降。并且命令军乐队金鼓齐鸣，但这一过程反而令守军警觉起来，隐藏在防线后面的骑士们以火器弓弩向敌方猛烈射击，还有人投掷希腊火罐，点燃了奥斯曼战舰。由于登陆地点附近毫无掩蔽，而且地形狭窄，在一片敌人的射击中，奥斯曼登陆部队损失惨重。奥斯曼人的鲜血染红了沙滩，他们草木皆兵风声鹤唳，十分狼狈地逃回大营，在海滩上留下了一具具尸体，守军们鱼贯而出，杀死敌人的伤兵和俘虏，趁机在尸体中搜刮有价值的战利品，金银戒指，玛瑙玉石，用真金白银装饰的火门枪和火绳枪，以及用金银和珠宝装饰的刀剑等等。

在吸取了第一次强攻不利的失败之后，梅西帕夏下令在圣安东尼教堂阵地和圣尼古拉斯城堡之间搭建一座木制浮桥。奥斯曼人的军事效率和迅速动员能力令骑士团守军震惊不已，这座浮桥将源源不断地将奥斯曼士兵送过海岸，直逼城堡楼下。为了破解浮桥，一位深谙水性的英国士兵罗杰-杰维斯自告奋勇地潜水切断绳索，以此打断了奥斯曼人的进攻计划和步骤。为了保证行动的成功，奥斯曼海军将从海面另一侧攻击圣尼古拉斯城堡，但是在行动一开始，骑士团守军就一炮打断了海上的浮桥。罗德岛城堡内的守军开始向奥斯曼人发炮还击，这给了罗德城守军将敌人各个击破的机会。在惨烈的近战搏斗之中，哀嚎声，呐喊声，咆哮声，撕裂声，一直哀愁声不绝于耳，希腊与奥斯曼语，德语，法语，意大利语交织在一起，仿佛全世界受苦受难的声音，在这一刻一起迸发。由于奥斯曼士兵的铠甲对身体的保护并不完整，但是骑士团的全套板甲对身体的保护相当完整，一番激战过后，骑士们只损失了一二十人，奥斯曼人却损失了2500人。奥斯曼士兵并不缺乏勇气，如果他们装备了更好的护甲，他们本来可以在战场上存活得更久。

由于精心准备的进攻遭到惨败，梅西帕夏在军帐中苦苦哀愁了三天。在罗德城堡的围攻战最初阶段，奥斯曼人的进攻重点集中于圣尼古拉斯城堡，但是在其他地段双方也有激烈的交战，尤其是在大团长宫殿附近，双方的战术对抗十分激烈，甚至有一发炮弹落入了大团长的起居室里。

由于圣尼古拉斯久攻不下，梅西帕夏不得不改变自己的进攻方向。经过多日的实地考察，他最终选择在城市里犹太人居民区一带寻找新的突破口。此处紧邻阿卡迪亚海湾，地势平坦便于炮兵的射击和人员的集合与活动。这一段城墙在奥斯曼军看来守军也不是十分的充足。面对奥斯曼人持续不断地炮打，骑士团守军一边加紧赶修，一面派人修补城墙，一旦主城墙被突破了，骑士团还有第二道备用城墙防御工事用来防御。为了对付作为殖民者的骑士团，奥斯曼人不仅连续炮击城墙上的守军，而且轰击居民区，希望城市里的希腊居民引起恐慌，进而怨声载道从而寻求向奥斯曼人投降。

后来，为了增加对城市的破坏效果，梅希帕夏在城外的制高点上架设炮兵阵地，向城内发射燃烧弹和火箭，但是医院骑士团对此早有准备，应对有术，他在城市里组织了一支训练有素的消防队，他们很快便控制了蔓延的火势，令奥斯曼人期待的火攻效果落了空。另外一面，奥斯曼人也在孜孜不倦地进行土木作业，他们挖掘战壕，搭建掩体，使奥斯曼人在良好的掩护下进一步逼近了意大利防区。根据当事人的记载，奥斯曼人以惊人的毅力，不断的收集石头，用于填埋护城河，以便形成一条道路通达城墙之下。但是我军严阵以待，即时修护了护城壕沟，并加宽了壕沟。

此后奥斯曼军队转而将注意力放到炮击犹太人城墙上。虽然城墙受损严重，但守军用新砍伐的树木临时修建了若干栅栏，堵住了出现的缺口。直接放置在城墙外的树木以及大量的木柴，有效地降低了对方火炮的杀伤力，能对奥斯曼士兵攀爬城墙造成阻碍。

考虑到奥斯曼人填埋护城河对城市的重大威胁，骑士们选择夜间开凿一条地道直通护城河，将奥斯曼人的石头偷偷运往城内。白日奥斯曼士兵发现他们堆积在护城河的石头有相当一部分不翼而飞，多日的劳作前功尽弃，令人大惊失色。当奥斯曼人持续炮击犹太人区域时，大团长想起了乔治大师的专长，他命令他负责打制新的投石车，并对奥斯曼人反击。然而乔治发射的石头弹不仅没有命中敌人，反而打坏了本方的城墙。如此一来先前对他的怀疑变成了严厉的审讯。酷刑之下乔治终于承认了自己是奥斯曼人的间谍。于是大团长皮埃尔亲自将这个奸细送上了绞刑架。

在犹太人区战事吃紧的时候，有部分意大利骑士的斗志开始动摇，他们委托一名名叫菲莱尔富的同僚作为代表前去游说皮埃尔-德-欧比松，希望大团长能够出面与奥斯曼和谈，得知军心不稳之后，欧比松召集了全体意大利骑士，公开告诉他们，如果他们胆怯了，可以坐船离开。此举反而激发了意大利守军的荣誉感，随后大团长恩威并施，让这些骑士同自己战斗。与此同时，为了瓦解城中守军的士气。梅希帕夏派了两名医院骑士团的逃兵，回到城中散布流言。后来这两个叛徒甚至怂恿意大利骑士谋杀大团长，但是意大利人很快向团长检举揭发这些人的行为。但是在经过了将近六周的激战之后，城墙已经出现了巨大的缺口，甚至足以让骑士策马通行，梅希帕夏最后一次做出劝降的努力，他的特使苏迪曼贝伊来到城墙外，再次招降骑士团，建议骑士团不要负隅顽抗，否则他们必将全军覆没。而骑士团则以圣尼古拉斯堡垒的胜利威胁对手，告诉对手，如果敌人敢于继续进攻，那么他们将重蹈圣尼古拉斯城堡的覆辙。

7月27日，奥斯曼人的夜间炮轰击骤然加强，整个黑夜因为火攻武器的密集使用变得彻夜透亮，在忽闪忽灭的火光映照下，城上城下的人影隐约可见。他们向犹太人居住区发射了300发炮弹，这是暴风雨即将到来的节奏。7月28日，黎明前炮击停止了，这是暴风雨前的寂静，预示着奥斯曼人的总攻即将上演。奥斯曼人以志愿兵巴希巴祖克毫无规律地涌向城墙。让他们以生命消磨骑士团的士气，即使在枪林弹雨中，他们身后的奥斯曼新军依旧维持着严密队形。在奥斯曼人的冲击和射杀下，奥斯曼人的军旗已经插上了意大利防区的塔楼。面对敌人，步步逼近的紧张局面，大团长几乎亲自披甲持矛向着敌军奔去，前去夺回沦陷的意大利塔。经过一番激战，在漫长的白刃战中，骑士团铠甲优良，体力持久的优势得以发挥，相比之下，奥斯曼人装备不齐，铠甲不齐的劣势逐渐显现，在鏖战中劣势越来越大，最后，奥斯曼人在战场上留下了3500具尸体，为了避免瘟疫流行，骑士团将其付之一炬全部焚毁。在这一战后，大团长精致的铠甲在晨光中熠熠生辉。他的身后事就是主耶稣基督圣母玛莉亚与圣约翰迎风招展的旗帜。

在后来的激战中大团长三处负伤，旧伤未好，大腿又被弓箭射中，在攀爬城墙时两度跌落，又两度被救起，而在城头的白刃战中，他的胸甲被奥斯曼的长矛刺中，胸部受了重伤。骑士团成员舍生忘死，救出了自己亲爱的团长，由于双方人员过于密集，一些匆匆赶到的医院骑士，甚至手持长矛利刃直接跳进了人丛之中，见人就砍，见人就刺。而在战斗进行到最激烈的时刻，梅西帕夏犯下了一个重大的错误，他居然对全军宣布，罗德岛城破之后，一切财产归苏丹穆罕默德二世所有，这一做法无疑沉重的打击了奥斯曼人的士气。在这样的军令的动摇下。大部分封建势力和炮灰部队已经放弃了战斗，纷纷向后撤退，即使训练有素的奥斯曼新军维持阵线，但也无济于事，而骑士团看到机会，则趁机宜将剩勇追穷寇，甚至杀入了奥斯曼军营中，夺取了梅西帕夏的军旗。在这一战中，奥斯曼人有3500人阵亡，九千人负伤，在整个罗德岛围城战期间，奥斯曼人的伤亡超过了24000人，但是医院骑士团也为此付出了损失过半的惨重代价，相当一部分高级军官都牺牲在战场上。和人力资源充足的奥斯曼帝国相比，这样的损失对于骑士团而言是十分致命的。

在得知来欧洲的援军正在赶到之时，瘟疫、短缺的水源、补给和武器一样在奥斯曼军营里肆虐，8月17日梅希帕夏终于决定班师回朝。89天的大围攻以奥斯曼帝国的惨败告终。在回国途中梅希帕夏为了替帝国挽回颜面，徒劳地尝试夺取医院骑士团位于小亚细亚大陆上的博德鲁姆城堡，但再次惨遭失败。

在医院骑士团初次来到罗德岛的时候，这里还是一座略显凋敝，人烟稀少的岛屿，罗德岛的建筑也寒酸，但是经过骑士团几代人的励精图治，从13世纪末到15世纪初，医院骑士团的建筑在雄伟华丽方面，远超以往拜占庭帝国的成果，帝国的总督府改造为骑士团宫殿。街道两旁鳞次栉比地排列着骑士团的各种建筑，街道东部尽头伫立着医院骑士团总团。东北海东北角港区，还有一座兵工厂。医院骑士团还在行政上划分为七大园区，各语言区在罗德岛市都有自己的会馆，不仅用来招待本国的骑士，也是他们、聚会、社交、商议、军国大事的场所。不少骑士们购买了私宅，等到聚会时才出席会议。为了方便防御，城墙也被分为七段，共骑士们。在和本地希腊居民的关系上，和威尼斯人相比，骑士团相对温和而宽容，没有与当地原住民的关系十分恶化，与此同时，在对对待各路人才，骑士团也是物尽其用，重金揽才。所以城堡的军事防御设施以及火炮，结合当时欧洲最先进的科技成果。这是战役取得胜利的重要原因。1444年马穆鲁克入侵则预演了城堡可能遭到的入侵。在具体的战斗中，骑士团成员有重点地分区布防，尼古拉斯堡垒牵制住奥斯曼帝国早期的火力，从而为骑士们坚守主城，节约主城的兵力和物资提供了时间，在战役之后，骑士团又开始了长袖善舞的多边外交，游走于各个政权之间纵横捭阖。