纤毛沟（ ciliated groove，ciliary groove ），生物学名词。

纤毛沟， （1）系扁形动物化学感受器之一，为头部纤毛上皮之凹陷部，一般见于单肠目和异肠目。额器、三肠目之耳叶感觉器、纽虫类之头裂和头沟均系纤毛沟复杂化所致。凡无沟，仅形成单纯性凹陷者，称为纤毛凹（ciliary pit）。（2）环节动物之食沟和颈器、软体动物之鳃沟及被囊亚门之鳃上沟和鳃下沟等亦均为纤毛沟之特殊例子。