一种有别于系统论的历史研究方法。特征是：（1）确立学科工作逻辑；（2）采用“生生推理”；（3）使用“运动+结构”叙说体式。这是对“结构主义”、“科学主义”、“形式主义”的方法论的反动。

谈谈政治经济学批判的发生学方法：

政治经济学的基本研究方法就是发生学方法，由于是在政治经济学批判意义上，也就能够说成发生学的批判的方法。政治经济学批判的发生学方法，或者称之为“历史唯物主义发生学”。

《资本论》写什么？《资本论》内容博大精深，体例完备。其阐说社会历史经济的内在逻辑。客观批判和主观批判也。例如，第一卷逻辑可概括为“历史发生学”，第二卷逻辑可概括为“系统发生学”，第三卷逻辑可概括为“现象发生学”，第四卷逻辑可概括为“认识发生学”。

它说明了什么？发生学是反本体论的！并且自然科学界也是如此。

相关研究成果：

系统发生学（phylogenetics）研究生物进化规律及物种间亲缘关系的学科。分子系统发生学（molecular phylogenetics）：从生物大分子的信息确定不同生物在进化过程中的地位、分歧时间以及亲缘关系，建立分子系统树，推断生物大分子的进化历史的学科。

（《遗传学名词》第二版）

既然逻辑哲学的中心问题是恰当性问题，那么逻辑哲学研究实际上就成为一种逻辑的系统发生学研究，尤其是非经典逻辑系统的发生学研究。逻辑哲学应当围绕着逻辑尤其是非经典逻辑为什么产生，为何这样产生和发展而展开。

（《非经典逻辑系统发生学研究》南开大学出版社2011）

《资本论》的逻辑究竟怎样练成：《资本论》

第1篇刻画资本循环运动条件，说明资本结构一次系统的生成过程；第2篇刻画资本周转运动条件，说明资本结构多次系统的生成过程；第3篇以资本结构的活的层级递进运动为基础和依托，刻画并说明社会再生产整体系统的生成过程。实践行程内在化了历史和存在的结合，将其构造为特殊科学和特殊方法。系统发生学辩证法科学主义解释学的分析进路。

（《资本论》第二卷的逻辑：系统发生学，《当代经济研究》2012年01期）