第二军医大学药学院始建于1949年，是全军唯一能培养各种层次药学人才的教学科研基地，其前身是国内开展药学教育最早的学校，有百年历史。半个多世纪以来，为军队与地方培养输送了数以万计的药学专业人才。
药学院地处国际化大都市——上海，环境整洁优雅。现有
教学、科研、办公用房总建筑面积达2.1万m2，一个培育700余种植物的
药用植物园和药用植物暖房。拥有600兆和300兆
核磁共振仪各1台、超
高效液相色谱与高分辨串联
质谱联用仪1台，
刀片服务器及网络系统1套，药物分子设计软件及数据库2套，激光共聚焦显微镜1台、流式细胞仪1台、
液相色谱仪30多台，液相-质谱联用仪6台等多种大型仪器，设备总值近1亿元。
学科建设方面，药学一级学科是国家重点学科（2007年评选，全国仅四家）。2012年国家学科评估中，药学一级学科在全国排名第五。药学院于1995年建成药学
博士后流动站，1998年被评为药学一级学科博士点，拥有药理学、药物化学、药剂学、
药物分析学、生药学、
微生物与生化药学、药事管理学7个学科。药理学科2001年被评为国家重点学科，2007年再次入选国家重点学科；2007年药物化学学科继被评为上海市重点学科后，又被评为国家重点学科；2003年药物分析实验室被评为上海市药物(中药)代谢研究重点实验室，2006年建成军队特需药品研发与生产中试基地，2010年
特殊环境药物研究实验室被评为军队医学专业重点实验室，2010年成立上海活性天然产物制备工程技术研究中心。
学院现有教学科研人员140余人，其中高级职称45人。现在读研究生有180余人，本科、专科生800多人。学院有一批国内外知名的老专家教授，如：苏中武、芮耀诚、郑汉臣、吴玉田、张万年、易杨华、苏定冯等。“十一五”期间，苏定冯教授领衔的“脑卒中发生和防治的基础研究”科研团队入选教育部创新团队，苏定冯教授当选为973首席科学家、法国药学科学院外籍院士，柴逸峰教授被评选为全军药学专业委员会主任委员，陈丰原教授被评为特聘讲座教授，姜远英教授获得国家杰出青年基金，缪朝玉教授获得总后科技银星，入选全军首批创新人才工程学科拔尖人才培养对象，并获上海市巾帼创新奖和上海市“三八红旗手标兵”称号；张卫东教授入选“新世纪百千万人才工程”，并获中国科协求实杰出青年奖和明治乳业“生命科学奖”杰出奖。
成果奖励方面，由苏定冯教授领衔，与缪朝玉、沈甫明等共同潜心研究的成果“血压波动性和器官损伤的研究”，获得国家自然科学二等奖，这是我校药学学科首次获得该级别奖项，标志着本学科基础理论研究迈上了新台阶。张卫东教授领衔的“基于中医药特点的中药样品库的建立与新药研究”荣获国家科技进步二等奖，是本学科近年来以第一完成单位获得的第一个国家科技进步奖，也是我校中医药学科获得的第一个国家科技进步二等奖。此外在“十一五”期间还获得军队科技进步二等奖1项，上海市科技进步二等奖2项，
中华中医药学会科学技术一等奖1项，中国药学会科学技术二等奖2项。
近年来，药学院逐步形成了自己的特色与重点研究方向——抗心
脑血管疾病药物研究、抗肿瘤药物研究、抗病毒研究与军用特需药物研究。在“十一五”期间共获得各类纵向基金课题100多项，获资助总额达3亿元，其中973项目1项，863项目3项，国家杰出青年基金2项，
国家自然科学基金重点项目1项。横向科研引资年平均到款额1000多万元。近3年共发表SCI论文345篇，其中5分以上15篇，3分以上67篇。申请国内专利近130项，授权近60项，申请国际专利3项。