穆克登阿，满洲董鄂氏，隶齐齐哈尔镶红旗。清乾隆二十九年（1764年），以鸟枪护军补鸟枪蓝翎长。嘉庆十二年（1807年）九月卒。

乾隆三十二年，随军进攻缅甸。将军明瑞战死，穆克登阿突围而出。乾隆三十七年，清军征剿金川。次年，穆克登阿以固守明郭宗，破土司军于喇穆山色依谷山之间等功，赏花翎，补重庆镇标中营游击。乾隆四十四年，擢广东右翼镇总兵。四十九年，调四川松潘镇总兵。

乾隆五十二年，林爽文起义于台湾，清廷遣穆克登阿从大将军福康安、参赞大臣海兰察渡海前往镇压。至台湾后，首先解嘉义县城围，乘胜攻下义军据点大里杙、斗六门。次年正月，林爽文在老衢崎兵败被俘，起义将领庄大田南走琅峤，不久也为穆克登阿等追击俘获。穆克登阿以此得赏奋图礼巴图鲁名号，图像紫光阁，列为功臣。七月，调建昌镇总兵。

乾隆五十六年，廓尔喀（今尼泊尔）入侵西藏，清廷调穆克登阿率兵入藏，相机剿办。次年正月，穆克登阿围攻聂拉木寨，毙敌甚众。五月，连破德亲鼎山前三卡。六月，又攻取多洛卡及陇冈等处。廓尔喀降后，再次图像紫光阁，列后十五功臣。

乾隆五十八年，授四川提督。乾隆六十年，贵州松桃厅苗族人民起兵抗清，进攻川边，穆克登阿将其击退。又会同云贵总督福康安之师，进攻松桃，剿抚兼用，于清嘉庆二年（1797年）将这次苗民反清斗争镇压下去。

当时，适值川、楚白莲教大起义，穆克登阿奉命前去镇压。率部焚烧香炉坪，攻下精忠寺，俘获起义军重要首领徐天德、王三槐家属。后因攻林亮功于白岩山，“株守半年，一筹莫展”，被夺官、没产，以兵丁留营效力赎罪。不久，杀林亮功，随侍卫内大臣勒保俘获王三槐，又被任命署四川松潘镇总兵。

嘉庆五年（1800年），以患目疾退役。嘉庆十二年（1807年）九月卒。