稀有种是指不是立即有绝灭危险但是存在于很有限的地区内，或虽有极大的分布范围但只是零星分布，很容易陷入濒危或绝灭的种类。
释义
稀有种（rare species）是指群落中个体数目较少的物种，被称为稀有种。在群落的组成中数量不多的稀有种却有较多的种类。
特点
稀有种分布范围狭窄，数量极少，但在特定生存条件下种群生存和繁衍相对稳定，或者虽有较大
的分布范围但只是零星分布的物种。
原因
物种稀有的原因有：
（1）祖先种是广分布的，后分化为小类群，逐渐形成高度特化的稀有种；
（2）分布范围很大，密度很低；
（3）局部地区密度相当高，但整个物种种群数量很少，由竞争性强的聚居种类变为保守性强的残存稀有物种；
（4）隔离的小种群不能进行遗传物质交换，只具有有限的遗传差异、进化潜能衰竭形成稀有性；
（5）由于近交种群衰退，
遗传多样性降低、适合度下降；
（6）局域选择对同质种群和异质种群的结果；
（7）地史演化、气候变化、生物群落演替等自然因素引起的；
（8）人类活动如捕猎采集、土地利用、森林消失、沼泽干涸、草原退化、滩涂开发等有关威胁物种生存的因素直接或间接地造成的。
一种稀有种形成可兼有多种原因。保护稀有物种既要注意稀有种的个体数量及其栖息生存条件、现存的种群数及其状况等生物学特性，更要注意消除、威胁其生存导致稀有的因素。稀有种与偶见种不同，需要区分。
举例
我国在1989年出版的《中国珍稀植物》中列为稀有种的有110种，如
水杉、
珙桐、
银杉、
望天树、金花茶、
银杏、
鹅掌楸等等。一般泛指一些濒临灭绝，非常稀有的植物，动物或其他药材等等。