福建省港航管理局组建于1985年8月，是隶属于省交通厅的全省港航事业管理机构。1994年4月与新组建的福建省航道管理局实行两块牌子，一套机构。作为省交通厅直属的具有对全省港口、航道实施行政管理职能的机构，省港航管理局负责全省港口、航道的行业管理，承担规划、监督、协调等工作。
1985年6月，省交通厅决定对福建港航管理体制进行重大改革，实行政企职能分开。自7月1日起，撤销“福建省航运管理局”， 原省航管局和福州、厦门港务管理局中事业管理部分划出，合并组建“福建省港航管理局”， 企业经营部分则组建“福建省轮船公司”。 1994年，福建省航道处撤销，成立福建省航道局，与福建省港航管理局实行两块牌子、一套班子，下设福州分局、闽江分局、航务救捞工程处、勘测设计试验中心、厦门处、漳州处、泉州处、
物资供应站、闽江航道派出所等9个直属单位。
1996年，经省交通厅上报省编委同意，将省港航管理局所属“闽江航政监督处”成建制划出挂靠福州海上安全监督局。1998年，交通部提出对全国水上安全监督管理体制进行改革，在我省成立福建海事局（正厅级单位），原隶属福州海监局的闽江航政处的人、财、物全部由福建海事局接收，闽江航政处所属的福州、湾边、水口、南平四个监督站机构及职能分别直接下放到福州、南平二个设区市交通局。
2000年至2004年，省航道局所属的福州分局、闽江分局、航务救捞处先后下放福州市，莆田、泉州、漳州航道处及厦门航道分局等也下放所在各地市，各地市行使航道维护、施工与管理职能；省航道局执行全省航道规划、协调、行业管理职能，勘测设计试验中心直属省局，同时加挂福建省港航勘察设计院。2004年，根据
福建省人民政府《关于改革全省航道管理体制得通知》（闽政文[2004]1号），将全省沿海与内河航道（含我省负责的航标）的维护、建设、管理职责下放所在的各设区市，福建省航道局改名为福建省航道管理局。福建省航道管理局设在相关设区市的机构的人、财、物成建制下放各所在设区市管理。改革后的省航道管理局仍作为省交通厅直属的具有对全省航道实施行政管理职能的机构，负责全省航道的行业管理，主要承担规划、监督、协调等工作。
2006年3月1日起，
福建省地方海事局（福建省船舶检验处）的机构和职能正式从
福建省运输管理局划转到福建省港航管理局（福建省航道管理局）。2011年2月，根据
中共福建省委机构编制委员会办公室《关于省交通运输厅所属事业单位机构编制清理整顿方案的批复》（闽委编办[2011]41号）精神，将水路运输管理职能从福建省运输管理局调整至福建省港航管理局，撤销“福建省航道管理局”牌子，“福建省船舶检验处”更名为“福建省船舶检验局”，与福建省港航管理局、福建省地方海事局合署办公，负责具体实施全省港口、航道、水路运输等管理工作，承担内河水上交通安全监管、内河船舶和水上设施检验等工作。
局机关内设10个职能部门，局下辖福建省港航勘察设计院。全局共有职工170余人，其中具有中高级职称的
专业技术人员占三分之一。
省港航管理局、航道管理局专业齐备，具有丰富的港航建设管理经验，曾作为建设单位先后承担了福建省重点工程福州煤码头、福州新港区等工程的建设任务。曾荣获省政府及有关部门授予的“重点项目建设优胜奖”、“重点项目建设先进单位”称号。先后完成40多项省、部、厅级科研课题研究，其中有11项科技成果分别获得省部级科技进步二、三等奖。